面向壓縮生物基因數(shù)據(jù)的查詢方法
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隨著下一代、第三代等測序技術(shù)的快速發(fā)展，DNA等生物序列數(shù)據(jù)快速增長．如何高效地處理這些大數(shù)據(jù)是目前所面臨的一個挑戰(zhàn)．研究發(fā)現(xiàn)，這些生物序列數(shù)據(jù)盡管很大，但是不同數(shù)據(jù)之間具有很高的相似性．因此可以通過保存這些基因串同一個基準(zhǔn)序列之間的差異來減少存儲的代價．最新的研究發(fā)現(xiàn)，可以在這些壓縮的數(shù)據(jù)上直接進(jìn)行查詢，而不需要解壓縮．研究的目標(biāo)是進(jìn)一步提高索引和查詢的可伸縮性，從而滿足日益增長的大數(shù)據(jù)需要．首先在現(xiàn)有方法的基礎(chǔ)上，對基準(zhǔn)序列進(jìn)行了壓縮存儲，基于該壓縮數(shù)據(jù)，提出了一系列優(yōu)化查詢方法以高效地支持任意長度序列的精確和近似查詢．在此基礎(chǔ)上，進(jìn)一步對原有方法進(jìn)行改進(jìn)，利用并行計算來提高對大數(shù)據(jù)的查詢效率．最后，實驗研究展示了所提方法的高效性．
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