用于基因組學、轉錄組學和臨床研究的綜合NGS軟件

LasergeneGenomics 在基因組學和轉錄組學領域獨樹一幟。該軟件由我們革命性且易于使用的組裝程序 SeqManNGen 提供支持，使您能夠在短短幾分鐘內設置復雜的基因組測序項目，并自動執(zhí)行通常需要在其他軟件包中進行大量手動干預的任務。

直觀的項目設置和分析，與我們獲得專利的組裝算法相結合，使您能夠以無與倫比的輕松和速度組裝和對齊NGS數(shù)據(jù)，以便您可以專注于結果。不再需要在軟件工具之間切換來組裝序列、識別重要變異并確定差異表達基因。你需要的一切都在這里。

LasergeneGenomics工作流程

ChIP-Seq數(shù)據(jù)分析

使用LasergeneGenomics 輕松組裝ChIP-Seq數(shù)據(jù)并執(zhí)行峰檢測，讓您更快地進行全面的ChIP-Seq數(shù)據(jù)分析。

ChIP-Seq數(shù)據(jù)分析通常是一個繁瑣的過程，需要繁瑣的項目設置和耗時且復雜的數(shù)據(jù)操作。LasergeneGenomics 提供易于使用的向導，可在幾分鐘內指導您完成項目設置，讓您可以快速輕松地設置ChIP-Seq分析項目。該軟件還包括多種不同的可定制選項，用于變異檢測、標準化和峰檢測。通過使用輸入模式或使用位置權重矩陣來識別結合位點，從轉錄因子數(shù)據(jù)庫中選擇結合蛋白。在 ChIP-Seq數(shù)據(jù)組裝后，使用實時交互式視圖和全面的過濾工具輕松分析峰值附近的基因。利用基因本體論來識別具有特定生物學功能的基因之間的關系或確定基因在特定過程中的相對重要性。在 GenVisionPro 中可視化峰以解釋基因表達和調控，并創(chuàng)建高質量、高度可定制的圖像以供發(fā)表。使用 LasergeneGenomics 中的ChIP-Seq分析工具更快地獲得全面的結果！

臨床研究

使用LasergeneGenomics 人類基因組分析自動化流程在幾分鐘內建立您的臨床研究項目。

近年來，隨著對三重分析、腫瘤與正常配對比較和罕見變異研究等工作流程的需求不斷增長，臨床研究軟件變得越來越廣泛。然而，大多數(shù)用于人類基因組分析的商用軟件需要預先進行大量工作來準備組裝和最終分析的項目。LasergeneGenomics 在臨床研究軟件領域脫穎而出，部分原因在于SeqManNGen，這是我們革命性的向導，使您能夠在短短幾分鐘內設置整個基因組或外顯子組重測序項目。SeqManNGen 可自動執(zhí)行通常需要大量手動干預的任務，包括自動組織實驗和重復、內置訪問人類和模型生物的多種基因組模板包、自動合并BED和VCF文件，以及自動檢測、注釋和分析變體。組裝后，LasergeneGenomics中提供的人類基因組分析工具可以立即開始廣泛的多樣本變異比較，識別具有統(tǒng)計學意義的變異，并探索與感興趣的變異交叉的相關基因。

從頭基因組組裝

使用LasergeneGenomics 輕松、準確地從頭組裝基因組。

從頭基因組組裝是一種從大量DNA片段構建基因組的方法，無需事先了解這些片段的正確序列或順序。這可能是一個非常困難的計算問題，并且由于序列量大、重復區(qū)域的存在以及所需的大量RAM，通常會出現(xiàn)速度和準確性問題。

LasergeneGenomics 通過指導您采用各種方法來滿足您的需求，使您可以輕松地進行從頭組裝。在我們革命性的基因組組裝軟件 SeqManNGen的支持下，用戶可以在短短幾分鐘內設置復雜的測序項目，其任務自動化功能可以以無與倫比的輕松和速度促進從頭序列組裝，即使在配備適度的計算機上也是如此。

除了傳統(tǒng)的從頭工作流程（通常對配對或配對末端數(shù)據(jù)最有用）外，LasergeneGenomics 還提供多種基因組整理工作流程，用于基因組草案的糾錯和細化。我們還提供多種工作流程（目前處于測試階段），用于從頭組裝和完善來自OxfordNanopore 和PacBio的長讀長測序數(shù)據(jù)，包括PacBioHifi 讀長。

無論您采用何種方法，LasergeneGenomics 都會創(chuàng)建最準確、最完整的組裝體，并為您提供每個完全可編輯組裝體的詳細統(tǒng)計數(shù)據(jù)，以及出色的可視化和組裝后分析工具。

從頭轉錄組組裝

使用LasergeneGenomics 中的自動化流程簡化從頭轉錄組組裝。

從頭轉錄組組裝是非模型生物研究中的一項強大技術，但由于數(shù)據(jù)量巨大以及去除污染物、識別和注釋轉錄本以及使用組裝轉錄本時面臨的常見困難，轉錄組學數(shù)據(jù)分析通常會帶來重大挑戰(zhàn)在下游分析中。LasergeneGenomics 的轉錄組組裝工具為所有這些問題提供了解決方案。我們獲得專利的聚類和組裝算法幾乎可以處理臺式計算機上任何大小的數(shù)據(jù)集，從而無需超級計算集群。LasergeneGenomics 自動去除最常見的接頭以及任何用戶指定的污染物序列，并提供對我們專有的轉錄本注釋數(shù)據(jù)庫的訪問，該數(shù)據(jù)庫使用來自RefSeq的轉錄本注釋，從而促進甚至是最新穎的生物體的組裝和注釋。一旦從頭轉錄組組裝完成，我們會提供已識別轉錄本和新轉錄本的FASTA文件，這些文件經(jīng)過完整注釋，可用于下游分析，包括用作RNA測序分析的參考集。

宏基因組組裝

使用LasergeneGenomics 強大的算法將宏基因組序列數(shù)據(jù)與不同的參考數(shù)據(jù)集進行比對，或對新序列進行聚類以進行識別。

考慮到所涉及的數(shù)據(jù)量，以及識別變異、計算覆蓋度和去除宿主DNA通常需要的許多耗時步驟，有效組裝和分析宏基因組測序數(shù)據(jù)可能具有挑戰(zhàn)性。LasergeneGenomics 通過提供向導來引導您從頭到尾完成宏基因組組裝和宿主去除過程，從而簡化了流程。我們的微生物組分析軟件可以輕松地將宏基因組測序數(shù)據(jù)與來自NCBI的數(shù)千個完整注釋細菌基因組或16srRNA 數(shù)據(jù)庫進行比對。SeqManNGen 中的強大算法以前所未有的速度執(zhí)行宏基因組組裝，讓您更快地從原始數(shù)據(jù)進入分析階段。SeqManNGen 還能夠從頭進行新序列的宏基因組組裝，或從HLA、抗體區(qū)域、病毒群體或線粒體群體中從頭組裝高度可變的序列。在宏基因組組裝過程中，系統(tǒng)會自動為您完成變異檢測和覆蓋度計算，因此組裝后，您就可以分析重疊群，并輕松識別微生物組中哪些細菌菌株最豐富。

RNA-Seq比對和分析

使用LasergeneGenomics 全面了解您的RNA-Seq數(shù)據(jù)。

RNA-seq是目前探索轉錄組的領先技術之一，這對連接基因組信息和其功能性蛋白質表達至關重要。但事實證明，RNA-Seq數(shù)據(jù)分析對許多研究人員來說是一個挑戰(zhàn)，因為這一技術的應用相當廣泛。LasergeneGenomics可以快速、輕松地將任何規(guī)模的RNA-Seq或miRNA數(shù)據(jù)集--從細菌到人類--與參考基因組進行比對，然后對比對后的數(shù)據(jù)提供廣泛的分析，以便你可以深入探索。使用EdgeR或DESeq2進行差異基因表達的統(tǒng)計分析，使用綜合過濾工具輕松識別感興趣的基因，利用基因本體識別具有已知生物功能的基因之間的關系，使用Sashimi圖輕松可視化和分析mRNA異構體，查看測序數(shù)據(jù)中檢測到的變體，等等。當我們開始RNA-Seq分析時，我們并不總是知道我們在尋找什么。LasergeneGenomics使探索感興趣的點變得很容易，這樣你就能獲得數(shù)據(jù)集的全貌。

變異分析

用于變異識別和分析的自動化軟件

從DNA測序到遺傳變異解釋的過程可能漫長而復雜。有了無數(shù)的軟件工具和管道，分析原始序列數(shù)據(jù)的變異可能需要掌握多達十幾個生物信息學應用程序和在線數(shù)據(jù)庫。流程中的每個額外步驟都會影響結果的準確性和完整性。

進入LasergeneGenomics，這是一個完全集成的變異分析和注釋管道，具有直觀、易于使用的界面。LasergeneGenomics 及其變異注釋數(shù)據(jù)庫極大地簡化了變異分析，使您無需生物信息學博士學位即可獲得準確的答案。

使用LasergeneGenomics 準確識別多個數(shù)據(jù)集之間的顯著變異

LasergeneGenomics 是一個自動化管道，可將您的讀數(shù)組裝到模板中，執(zhí)行變體調用，然后比較多個NGS或長讀數(shù)據(jù)集的變體，所有這些都無需人工干預。

事實證明，我們的變體檢出工具比我們的商業(yè)和開源競爭對手更準確，因此您可以放心，您可以信任結果。

通過強大的過濾工具、豐富的圖形視圖以及對大型變異數(shù)據(jù)庫（包括Mastermind、dbSNP、GERP、dbNSFP和1000Genomes Project）的集成訪問，輕松識別多個實驗之間的顯著變異。LasergeneGenomics 甚至可以讓您輕松比較和分析來自其他NGS軟件流程的多個VCF文件，并使用我們的自定義基因組模板包中的信息對其進行注釋，以進行豐富的變異分析。

變異分析軟件功能

• 用于裝配、變體調用和變體注釋的自動化點擊式管道

• 根據(jù)變異引起的每個基因的破壞程度進行高級基因過濾

• 使用文本過濾器、表格數(shù)據(jù)或圖形表示（包括維恩圖、散點圖和熱圖）比較變體組

• 能夠在SeqManUltra 中查看特定變體或基因的讀取比對，或在GenVisionPro 中同時查看所有數(shù)據(jù)集的裝配覆蓋率

病毒基因組分析

快速識別新的病毒株。

從原始病毒基因組測序數(shù)據(jù)到最終鑒定新病毒株可能是一個勞動密集型過程。對于快速發(fā)展的病毒，快速分析數(shù)據(jù)的能力至關重要。我們的病毒基因組測序分析工作流程可用于 Sanger和NGS數(shù)據(jù)，還包括對使用ARTIC網(wǎng)絡協(xié)議生成的PCR擴增片段的全面支持。我們簡化了這個有時很復雜的過程，以便您可以更快地進入分析階段。首先在 SeqManUltra 中組裝病毒基因組測序數(shù)據(jù)，以評估變異并為每個樣本生成共有序列，然后在MegAlignPro 中快速將大組基因組與已知菌株進行比對，以輕松識別和比較比對中的變異。

全外顯子組/全基因組測序

讓LasergeneGenomics 承擔全基因組和全外顯子組測序分析的繁重工作，以便您可以專注于結果。

全外顯子組測序和全基因組測序產(chǎn)生的海量數(shù)據(jù)給許多面臨組裝和分析數(shù)據(jù)的研究人員帶來了挑戰(zhàn)。無論您使用的是全基因組、全外顯子組還是其他靶向測序數(shù)據(jù)，所產(chǎn)生的大量信息都需要大量的數(shù)據(jù)處理和分析。LasergeneGenomics 使您能夠以無與倫比的輕松和速度將來自所有主要NGS平臺的重測序數(shù)據(jù)與參考序列進行比對。全面的組裝后分析選項可以輕松識別和比較遺傳變異以及結構和非編碼變異。先進的基因過濾能夠確定變異對每個基因造成的破壞程度。LasergeneGenomics 的設計初衷就是處理大量數(shù)據(jù)-讓我們來完成繁重的工作，這樣您就可以專注于結果。

LasergeneGenomics 應用程序

SeqManNGen

基因組序列組裝

SeqManNGen 使您能夠在短短幾分鐘內建立復雜的基因組測序項目，然后以無與倫比的輕松和速度組裝NGS和長讀長測序數(shù)據(jù)。

ArrayStar

基因表達和變異分析

ArrayStar的先進過濾工具和豐富的可視化功能使您能夠輕松評估基因表達，并識別多個樣本中的顯著變異。

SeqManUltra

序列組裝分析與編輯

SeqManUltra 提供組裝后分析工具，例如評估覆蓋范圍、分析比對背景下的變體以及重疊群編輯。

GenVisionPro

基因組可視化軟件

使用高度可定制的圖像可視化基因組測序結果，例如覆蓋度和峰值圖，這些圖像可以輕松導出以進行協(xié)作或出版。

DNASTARCloud*

基于云的存儲和組件

DNASTARCloud Data Drive 提供NGS數(shù)據(jù)管理。DNASTARCloud Assemblies* 利用我們的云計算資源來對齊和組裝您的NGS數(shù)據(jù)，從而釋放您的本地計算機來執(zhí)行其他操作。

對比DNASTARLasergene 軟件包

	LasergeneMolecular Biology	LasergeneGenomics	LasergeneProtein	DNASTARLasergene （最受歡迎）
包含的應用程序
SeqBuilderPro
SeqManUltra
MegAlignPro
GeneQuest
GenVision
SeqNinja
SeqManNGen
ArrayStar
GenVisionPro
Protean3D （每個Nova應用程序+1預測）
DNASTARNavigator