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DNA存儲(chǔ)的優(yōu)勢與挑戰(zhàn)

bzSh_drc_iite ? 來源:YXQ ? 2019-07-15 15:07 ? 次閱讀
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縱觀數(shù)據(jù)存儲(chǔ)歷史可以發(fā)現(xiàn),隨著人類社會(huì)數(shù)據(jù)量的不斷增加,存儲(chǔ)介質(zhì)也在持續(xù)不斷地迭代變化。人類歷史的腳步不會(huì)停下,碳基生物存儲(chǔ)尤其是DNA存儲(chǔ)是我們不得不關(guān)注的重要前沿技術(shù)方向。

DNA是已知最古老的信息存儲(chǔ)系統(tǒng),存儲(chǔ)著碳基世界中從微生物到人類的億萬生命數(shù)據(jù)。人類的存儲(chǔ)介質(zhì)經(jīng)歷了從骨骼、毛皮、竹簡、紙到電腦硬盤的演變,但在DNA上“寫入”和“讀取”數(shù)據(jù)似乎只是造物主才能做的事情。近年來,隨著DNA合成技術(shù)(數(shù)據(jù)寫入)和DNA測序技術(shù)(數(shù)據(jù)讀?。┑耐黄菩园l(fā)展,DNA存儲(chǔ)已成為下一代存儲(chǔ)技術(shù)熱點(diǎn)。2019年7月1日,著名科普雜志《科學(xué)美國人》公布了2019年十大突破性技術(shù)榜單,DNA存儲(chǔ)技術(shù)榜上有名。

5G通信、萬物相聯(lián)、人工智能……在大數(shù)據(jù)時(shí)代的未來,雖然傳統(tǒng)存儲(chǔ)硬盤隨著科技進(jìn)步在不斷優(yōu)化提升,但人類社會(huì)日益增長的信息數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)需求,必將使傳統(tǒng)存儲(chǔ)硬盤面臨巨大挑戰(zhàn)。有數(shù)據(jù)顯示,2015年至2019年期間,機(jī)器對機(jī)器間的流量以44%的年復(fù)合增長率增長,并且到2020年全球每月將產(chǎn)生高達(dá)6.3ZB(1ZB>10億TB)的數(shù)據(jù)量。這必然造成硅基半導(dǎo)體材料的巨大消耗、數(shù)據(jù)維護(hù)期間的電力供應(yīng)問題以及海量電子垃圾引發(fā)的生態(tài)環(huán)境危機(jī)。

相比之下,一個(gè)邊長約1米的DNA立方體就足以容納等量數(shù)據(jù)。DNA存儲(chǔ)技術(shù)以其體積小、數(shù)據(jù)密度大、穩(wěn)定性強(qiáng)、能耗極低等優(yōu)勢,成為解決未來因數(shù)據(jù)爆發(fā)產(chǎn)生系列危機(jī)的潛在技術(shù)路徑之一。此外,人工智能尤其是類腦智能的發(fā)展,硅基人工智能在未來或有向更高層次的碳基人工智能發(fā)展的可能性。屆時(shí),DNA存儲(chǔ)技術(shù)將成為不可或缺的配套技術(shù)之一。

一、DNA存儲(chǔ)簡介

DNA即脫氧核糖核酸(英文Deoxyribonucleic acid的縮寫)是磷酸基團(tuán)、多糖和四種堿基構(gòu)成的雙螺旋結(jié)構(gòu)大分子,是主要的遺傳物質(zhì)。DNA四種堿基A、T、G和C的排列順序代表遺傳信息,控制合成不同功能的蛋白質(zhì),用以構(gòu)建生命體和催化一系列體內(nèi)生化反應(yīng)。

DNA存儲(chǔ)是將二進(jìn)制文件通過編碼映射成DNA里A、T、G和C堿基序列,按序列順序通過人工合成技術(shù)形成長鏈DNA來保存數(shù)據(jù)的方法。數(shù)據(jù)寫入即人工合成DNA,數(shù)據(jù)讀取即DNA測序,數(shù)據(jù)拷貝即DNA復(fù)制。利用DNA中堿基序列編碼存儲(chǔ)二進(jìn)制數(shù)據(jù)具體實(shí)例如下所示。

二、DNA存儲(chǔ)的優(yōu)勢與挑戰(zhàn)

DNA存儲(chǔ)的優(yōu)勢顯而易見。一是數(shù)據(jù)密度大、占地小。理論上1克DNA可存儲(chǔ)455EB數(shù)據(jù)量。二是DNA特殊的雙螺旋結(jié)構(gòu)使其性能十分穩(wěn)定、存儲(chǔ)時(shí)間長。在干冷條件下可保持?jǐn)?shù)萬年以上,常溫下可保持幾百甚至上千年。三是能耗低。常溫保存時(shí)基本不需要電力。

但該技術(shù)的挑戰(zhàn)也與之并存。一是成本過高。目前DNA存儲(chǔ)200MB數(shù)據(jù)需要耗資80萬美元。二是讀寫速度慢。在DNA中寫入20MB數(shù)據(jù)可能需要1天時(shí)間。近年來,“數(shù)據(jù)讀取”技術(shù)(DNA測序技術(shù))發(fā)展較快,代表性企業(yè)包括Pacbio、Illumina和華大基因等公司,但“數(shù)據(jù)寫入”技術(shù)(DNA合成技術(shù))發(fā)展慢,需要較大的理論和技術(shù)突破。三是數(shù)據(jù)存儲(chǔ)的準(zhǔn)確性有待提高。目前DNA測序時(shí)的重復(fù)讀取導(dǎo)致讀錯(cuò)概率較大。四是隨機(jī)讀寫困難。目前DNA合成技術(shù)無法一次性產(chǎn)生較長的DNA分子,只能合成眾多的短片段。這使得在眾多DNA小片段組成的混合物中快速調(diào)取出特定數(shù)據(jù)較為困難。

三、DNA存儲(chǔ)技術(shù)不斷獲得突破

實(shí)際上,DNA存儲(chǔ)并非新名詞,相關(guān)研究已持續(xù)了30余年。1988年,美國藝術(shù)家Joe Davis與哈佛大學(xué)科學(xué)家合作,首次把0與1的電子數(shù)據(jù)和DNA的四個(gè)堿基對應(yīng),將古日耳曼代表著生命和女性的圖片編輯到大腸桿菌的DNA序列中。2001年,以色列科學(xué)家研制出世界第一臺(tái)DNA計(jì)算機(jī),它的輸出、輸入和軟硬件全由DNA分子組成。2007年,日本科學(xué)家成功使用細(xì)菌DNA儲(chǔ)存數(shù)據(jù)。2010年,美國合成生物學(xué)家克雷格?文特爾帶領(lǐng)研究團(tuán)隊(duì)化學(xué)合成了整個(gè)支原體基因組DNA,并將該課題研究者的名字、研究所網(wǎng)址和愛爾蘭詩人詹姆斯的詩句等信息編碼進(jìn)新合成的DNA中。

而當(dāng)美國哈佛大學(xué)教授喬治·丘齊在2012年將650KB數(shù)據(jù)寫進(jìn)DNA,使DNA存儲(chǔ)數(shù)據(jù)容量的紀(jì)錄提高了1000倍后,DNA存儲(chǔ)技術(shù)進(jìn)入快速發(fā)展的新時(shí)期。

2013年,歐洲生物信息實(shí)驗(yàn)室(EMBL)將20MB數(shù)據(jù)寫進(jìn)DNA存儲(chǔ);2016年4月,美國微軟公司向美國生物科技初創(chuàng)公司 Twist 購買了1000萬個(gè)DNA分子,用于研究數(shù)據(jù)儲(chǔ)存。同年7月,微軟公司和華盛頓大學(xué)分子信息系統(tǒng)實(shí)驗(yàn)室(MISL)合作,耗資約80萬美元將200.2MB的數(shù)據(jù)(包含100本書籍的信息)成功存入DNA。2017年,微軟公司投資20億美元,為其高能耗的數(shù)據(jù)中心開發(fā)DNA服務(wù)器,并計(jì)劃在10年內(nèi)部署一臺(tái)復(fù)印機(jī)大小的商用DNA存儲(chǔ)裝置。同年,美國哥倫比亞大學(xué)和紐約基因組中心研究人員開發(fā)一種噴泉碼技術(shù),使DNA高效存儲(chǔ)數(shù)據(jù)和無損讀取,并將DNA存儲(chǔ)效率在喬治·丘齊技術(shù)水平上再提高100倍。2018年,愛爾蘭沃特福德理工學(xué)院(WIT)研究人員開發(fā)出一種新型DNA存儲(chǔ)方法,可在1克大腸桿菌DNA中存儲(chǔ)1ZB的數(shù)據(jù)。

2019年3月,美國微軟公司和華盛頓大學(xué)的研究人員開發(fā)出一個(gè)完全自動(dòng)化的系統(tǒng),用于編寫、存儲(chǔ)和讀取DNA編碼的數(shù)據(jù)。雖然成本和耗時(shí)依然居高不下,但全自動(dòng)合成和讀取是DNA存儲(chǔ)技術(shù)從實(shí)驗(yàn)室走向商業(yè)數(shù)據(jù)中心的關(guān)鍵步驟。

四、DNA存儲(chǔ)技術(shù)受到西方科技強(qiáng)國重視

DNA存儲(chǔ)技術(shù)具有解決未來社會(huì)因數(shù)據(jù)量激增引發(fā)的一系列挑戰(zhàn)的潛力,尤其是近些年DNA存儲(chǔ)技術(shù)的難點(diǎn)不斷被攻克,商業(yè)化應(yīng)用曙光微顯。西方科技強(qiáng)國們敏銳地嗅到DNA存儲(chǔ)技術(shù)的前景,紛紛走上DNA存儲(chǔ)的餐桌,不愿缺席這場未來技術(shù)盛宴。

國家層面。美國在DNA存儲(chǔ)技術(shù)方面的研究一直處于世界領(lǐng)先地位,政府層面也高度重視該技術(shù)的發(fā)展。2018年2月,美國高級(jí)情報(bào)研究計(jì)劃局(IARPA)發(fā)布“分子信息存儲(chǔ)”(MIST)項(xiàng)目,旨在開發(fā)可部署的存儲(chǔ)技術(shù),利用DNA存儲(chǔ)取代傳統(tǒng)存儲(chǔ)方式。IARPA項(xiàng)目經(jīng)理David Markowitz表示,建設(shè)一個(gè)10億GB的數(shù)據(jù)中心需要10年時(shí)間,花費(fèi)100億美元以及數(shù)百兆瓦的電力,但存儲(chǔ)相同的數(shù)據(jù)量僅需1千克DNA。英國政府也注意到DNA存儲(chǔ)技術(shù)的應(yīng)用潛力,資助Goldman等科學(xué)家成立專門的公司,用于研發(fā)下一代DNA存儲(chǔ)技術(shù)。此外,以色列、愛爾蘭、法國日本等國也紛紛開展了DNA存儲(chǔ)方面的研究工作。

研究機(jī)構(gòu)層面。美國哈佛大學(xué)是全球最早開展DNA存儲(chǔ)技術(shù)研究的科研機(jī)構(gòu),積累了豐富的研究成果;華盛頓大學(xué)的DNA存儲(chǔ)技術(shù)也處于世界領(lǐng)先地位。此外,美國的加州大學(xué)、約翰霍普金斯大學(xué)、伊利諾伊大學(xué)、勞倫斯伯克利國家實(shí)驗(yàn)室、哥倫比亞大學(xué)和紐約基因組中心;歐洲生物信息研究所;法國的查爾斯-賽德倫高分子研究所和艾克斯-馬賽大學(xué);愛爾蘭沃特福德理工學(xué)院和瑞士蘇黎世理工學(xué)院等高?;蚩蒲袡C(jī)構(gòu)均開展了DNA存儲(chǔ)技術(shù)的相關(guān)研究并紛紛取得突破性成果。

企業(yè)層面。美國微軟公司是當(dāng)前全球研究DNA存儲(chǔ)技術(shù)最活躍的高科技公司。值得一提的是,微軟公司近年來經(jīng)過一系列變革和戰(zhàn)略調(diào)整,積極投身云計(jì)算、生物存儲(chǔ)等業(yè)務(wù),公司市值由2013年的2000多億美元增長到2019年的破萬億美元,成為全球市值最高的上市公司。微軟對DNA存儲(chǔ)技術(shù)的重視,值得重點(diǎn)關(guān)注。除傳統(tǒng)科技巨頭外,近些年DNA存儲(chǔ)行業(yè)也涌現(xiàn)出眾多初創(chuàng)科技企業(yè),如美國Catalog公司、Molecular Assemblies公司、Twist Bioscience公司和Iridia公司等,以及英國的Evonetix公司、法國的DNA Script公司、愛爾蘭的Helixworks Technologies公司和奧地利的Kilobaser公司等。

五、DNA存儲(chǔ)技術(shù)的戰(zhàn)略意義及相關(guān)建議

(一)DNA存儲(chǔ)技術(shù)具有重要戰(zhàn)略價(jià)值

傳統(tǒng)存儲(chǔ)器的主要材料是硅晶片,其制作需要熔融、切割、刻蝕和清洗等過程。伴隨著數(shù)據(jù)存儲(chǔ)需求激增的同時(shí)是硅晶片使用量的激增,以及由此造成的環(huán)境污染問題、水資源和能源消耗問題等。此外,硅基半導(dǎo)體的摩爾定律也在走向物理極限。另一方面,5G通訊的普及將促進(jìn)物聯(lián)網(wǎng)社會(huì)的構(gòu)建,海量電子元器件必然產(chǎn)生電子垃圾泛濫的新問題。DNA存儲(chǔ)技術(shù)將在減少半導(dǎo)體材料、電力能源、水資源的使用,減少化學(xué)工藝造成的廢水廢物排放,尤其是使用可生物降解的DNA代替不可降解的電子垃圾等方面,或可發(fā)揮重要作用。因此,DNA存儲(chǔ)技術(shù)對國家開發(fā)替代性的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)介質(zhì)、維護(hù)生態(tài)環(huán)境安全和能源安全等具有重要戰(zhàn)略意義

(二)DNA存儲(chǔ)技術(shù)或?qū)⒃黾訑?shù)據(jù)管理難度和數(shù)據(jù)失竊風(fēng)險(xiǎn)

存儲(chǔ)數(shù)據(jù)的DNA可整合到細(xì)菌基因組、動(dòng)物基因組甚至是人類基因組(如手指的一小塊細(xì)胞群,不會(huì)對整個(gè)身體基因組造成影響)上,數(shù)據(jù)可隨細(xì)胞復(fù)制而拷貝擴(kuò)增。DNA存儲(chǔ)技術(shù)或?qū)⑹股矬w尤其是人體成為自由行走的“硬盤”。DNA因其微型性、生物相容性等隱蔽性特點(diǎn),以及非金屬材料導(dǎo)致的傳統(tǒng)安檢設(shè)備失效,將嚴(yán)重沖擊當(dāng)前的數(shù)據(jù)管理模式。尤其是某些人員通過DNA秘密攜帶重大機(jī)密數(shù)據(jù)出入海關(guān),將增加數(shù)據(jù)失竊風(fēng)險(xiǎn)。西方科技強(qiáng)國在DNA存儲(chǔ)領(lǐng)域的快速發(fā)展,使我國數(shù)據(jù)安全面臨新挑戰(zhàn)、新變局。密切跟蹤全球DNA存儲(chǔ)技術(shù)的研究進(jìn)展,積極促進(jìn)和提升我國DNA存儲(chǔ)技術(shù)的研發(fā)能力,與時(shí)俱進(jìn)更新數(shù)據(jù)管理理念和模式,研發(fā)DNA存儲(chǔ)相關(guān)的新型監(jiān)測和監(jiān)管設(shè)備,是我國面對DNA存儲(chǔ)技術(shù)挑戰(zhàn)的重要應(yīng)對之策。

(三)DNA存儲(chǔ)技術(shù)或?qū)⒊蔀樘厥饧用苡猛镜臄?shù)據(jù)存儲(chǔ)手段

DNA存儲(chǔ)作為一種新興多能的存儲(chǔ)方式,或?qū)⒊蔀檐娛骂I(lǐng)域、經(jīng)濟(jì)領(lǐng)域等特殊加密用途的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)手段。軍事應(yīng)用方面。美國科學(xué)家曾在1999年發(fā)表過“DNA隱寫術(shù)”的文章。研究人員將“JUNE 6 INVASION:NORMANDY”(6月6號(hào)入侵:諾曼底)這段歷史上的軍事密令轉(zhuǎn)化成100bp左右的DNA信息,然后將該DNA與30億bp的垃圾DNA信息混在一起。只有通過密鑰(也就是一對引物)進(jìn)行PCR擴(kuò)增獲取目的DNA片段,測序后解碼方可獲得該信息。金融應(yīng)用方面。近期,F(xiàn)acebook推出了電子加密貨幣Libra,一石激起千層浪,眾多國家央行高度警惕和密切關(guān)注,不少大型企業(yè)也蠢蠢欲動(dòng)推出自己的電子加密貨幣。從比特幣到Libra,電子貨幣似乎將成為未來社會(huì)的一個(gè)重要趨勢,而個(gè)性的、穩(wěn)定的和安全的新型存儲(chǔ)方式也就成為必然需求。美國初創(chuàng)公司Carverr推出將數(shù)字貨幣密碼存儲(chǔ)在DNA中的服務(wù),以保護(hù)數(shù)字貨幣財(cái)產(chǎn),28位客戶已與其簽約。Carverr公司目前還在與銀行和其他大型加密貨幣控股公司進(jìn)行談判,以擴(kuò)大服務(wù)范圍。

(四)其他生物存儲(chǔ)技術(shù)也值得重點(diǎn)關(guān)注

近期,除DNA存儲(chǔ)技術(shù)外,其他生物存儲(chǔ)技術(shù)也涌現(xiàn)出新成果。例如,2019年5月,美國哈佛大學(xué)開發(fā)出利用蛋白質(zhì)存儲(chǔ)數(shù)據(jù)的新技術(shù)。該技術(shù)減少了合成新分子的難度和消耗時(shí)間,同時(shí)避免了從線性DNA大分子中編碼和讀取數(shù)據(jù)的難題。7月,美國布朗大學(xué)將2000bp數(shù)字圖像數(shù)據(jù)儲(chǔ)存在含有糖、氨基酸和其他類型小分子的液體混合物陣列中,并能夠在其中進(jìn)行數(shù)據(jù)檢索。據(jù)稱,小分子代謝物具有比DNA更大的信息密度。

傳統(tǒng)半導(dǎo)體存儲(chǔ)方式或許在未來一段時(shí)間內(nèi)仍將占據(jù)數(shù)據(jù)存儲(chǔ)方式的主流,而包括DNA存儲(chǔ)蛋白質(zhì)存儲(chǔ)小分子代謝物存儲(chǔ)等形式的碳基生物存儲(chǔ)方式在技術(shù)層面尤其是成本方面還有很長的路要走。但是,縱觀數(shù)據(jù)存儲(chǔ)歷史可以發(fā)現(xiàn),隨著人類社會(huì)數(shù)據(jù)量的不斷增加,存儲(chǔ)介質(zhì)也在持續(xù)不斷地迭代變化。人類歷史的腳步不會(huì)停下,碳基生物存儲(chǔ)尤其是DNA存儲(chǔ)是我們不得不關(guān)注的重要前沿技術(shù)方向。

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原文標(biāo)題:技經(jīng)觀察 | DNA存儲(chǔ)有望成為下一代存儲(chǔ)介質(zhì)的技術(shù)方向

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    半導(dǎo)體技術(shù)的日新月異,正引領(lǐng)著集成電路封裝工藝的不斷革新與進(jìn)步。其中,倒裝芯片(Flip Chip)封裝技術(shù)作為一種前沿的封裝工藝,正逐漸占據(jù)半導(dǎo)體行業(yè)的核心地位。本文旨在全面剖析倒裝芯片封裝技術(shù)的內(nèi)在機(jī)制、特性、優(yōu)勢、面臨的挑戰(zhàn)及其未來走向。
    的頭像 發(fā)表于 03-14 10:50 ?1501次閱讀

    硅集成電路技術(shù)的優(yōu)勢挑戰(zhàn)

    硅作為半導(dǎo)體材料在集成電路應(yīng)用中的核心地位無可爭議,然而,隨著科技的進(jìn)步和器件特征尺寸的不斷縮小,硅集成電路技術(shù)正面臨著一系列挑戰(zhàn),本文分述如下:1.硅集成電路的優(yōu)勢與地位;2.硅材料對CPU性能的影響;3.硅材料的技術(shù)革新。
    的頭像 發(fā)表于 03-03 09:21 ?1207次閱讀
    硅集成電路技術(shù)的<b class='flag-5'>優(yōu)勢</b>與<b class='flag-5'>挑戰(zhàn)</b>

    想讓步進(jìn)電機(jī)控制更順滑?微步控制優(yōu)勢挑戰(zhàn)全揭秘

    步進(jìn)電機(jī)依靠控制電脈沖信號(hào)的頻率和數(shù)量來調(diào)控轉(zhuǎn)動(dòng)的步數(shù)與速度,具備分步控制的特性。為了讓步進(jìn)電機(jī)的控制更加順滑,微步控制技術(shù)應(yīng)運(yùn)而生。以下是微步控制的優(yōu)勢挑戰(zhàn)的詳細(xì)揭秘: 一、微步控制的優(yōu)勢 1.
    的頭像 發(fā)表于 02-25 07:33 ?992次閱讀
    想讓步進(jìn)電機(jī)控制更順滑?微步控制<b class='flag-5'>優(yōu)勢</b>與<b class='flag-5'>挑戰(zhàn)</b>全揭秘

    舜銘存儲(chǔ)鐵電存儲(chǔ)器SF25C20替換MB85RS2MT性能及應(yīng)用優(yōu)勢有哪些?

    舜銘存儲(chǔ)鐵電存儲(chǔ)器SF25C20替換MB85RS2MT性能及應(yīng)用優(yōu)勢有哪些?
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    舜銘<b class='flag-5'>存儲(chǔ)</b>鐵電<b class='flag-5'>存儲(chǔ)</b>器SF25C20替換MB85RS2MT性能及應(yīng)用<b class='flag-5'>優(yōu)勢</b>有哪些?

    國產(chǎn)舜銘存儲(chǔ)SF25C20對標(biāo)MB85RS2MT性能、優(yōu)勢全面解析

    國產(chǎn)舜銘存儲(chǔ)SF25C20對標(biāo)MB85RS2MT性能、優(yōu)勢全面解析
    的頭像 發(fā)表于 01-06 10:20 ?845次閱讀
    國產(chǎn)舜銘<b class='flag-5'>存儲(chǔ)</b>SF25C20對標(biāo)MB85RS2MT性能、<b class='flag-5'>優(yōu)勢</b>全面解析

    浪潮信息剖析智能時(shí)代數(shù)據(jù)存儲(chǔ)領(lǐng)域面臨的挑戰(zhàn)與機(jī)遇

    在當(dāng)今數(shù)字化時(shí)代,算力與存力的協(xié)同增長已成為驅(qū)動(dòng)各行各業(yè)發(fā)展的關(guān)鍵力量。特別是在人工智能(AI)這一前沿領(lǐng)域,隨著數(shù)據(jù)量的爆炸式增長,對存儲(chǔ)系統(tǒng)的需求日益復(fù)雜和多樣。近期,在首屆CCF中國存儲(chǔ)大會(huì)上,浪潮信息存儲(chǔ)首席架構(gòu)師孫斌深
    的頭像 發(fā)表于 12-30 09:43 ?1199次閱讀

    EMMC存儲(chǔ)器應(yīng)用場景分析

    的可靠性和更低的功耗。 應(yīng)用場景分析 1. 移動(dòng)設(shè)備 智能手機(jī)和平板電腦: EMMC存儲(chǔ)器因其高速讀寫能力和緊湊的尺寸,成為智能手機(jī)和平板電腦的理想選擇。它們需要快速訪問大量數(shù)據(jù),同時(shí)保持設(shè)備的輕薄設(shè)計(jì)。 優(yōu)勢: 高速數(shù)據(jù)傳輸、低功耗、緊湊的尺寸。
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