在用戶登陸管理模塊， 用戶只要登陸系統(tǒng)就可以把你的數(shù)據(jù)保存在 Web Server 上以便隨時(shí)導(dǎo)入數(shù)據(jù)，系統(tǒng)可以保證數(shù)據(jù)的安全性，你存儲(chǔ)的數(shù)據(jù)不會(huì)被其他用戶所共享。在導(dǎo)入導(dǎo)出文件模塊，允許用戶輸入有關(guān)生物網(wǎng)絡(luò)的數(shù)據(jù)， 并在客戶端迅速得到在線布局結(jié)果。用戶也可以把得到的網(wǎng)絡(luò)布局結(jié)果從新導(dǎo)出成所需要的格式的數(shù)據(jù)， 也可以把網(wǎng)絡(luò)視圖存儲(chǔ)為 Jpg 或者 Bmp 格式。數(shù)據(jù)格式和訪問方式的標(biāo)準(zhǔn)化有利于文件的導(dǎo)入導(dǎo)出以及服務(wù)器上數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)。可擴(kuò)展標(biāo)記語言 （extensible markup language，XML），是一種表示數(shù)據(jù)的工業(yè)標(biāo)準(zhǔn)，將數(shù)據(jù)與其表示相分離，XML 自推出以來， 尤其是在 1998 年 2 月成為 W3C 推薦標(biāo)準(zhǔn)以來受到了廣泛的支持， 并且顯示出了巨大的發(fā)展?jié)摿Α?BioXML 組織正在致力于將 XML 應(yīng)用到生物信息學(xué)領(lǐng)域，以期統(tǒng)一數(shù)據(jù)表示和交換格式。中間件 （MiddleWare）技術(shù)對(duì)各種不兼容數(shù)據(jù)庫(kù)和數(shù)據(jù)的集成和一致性訪問提供了有效的解決方案。所以在我們?cè)O(shè)計(jì)系統(tǒng)的同時(shí)，我們期望開發(fā)出一種 XML 語言能夠描述生物體間的關(guān)系，通過此系統(tǒng)能把 XML 語言可視化地轉(zhuǎn)換成生物關(guān)系的網(wǎng)絡(luò)拓補(bǔ)圖。此種 XML 語言需要記錄網(wǎng)絡(luò)中各個(gè)節(jié)點(diǎn)（代表生物體），邊（代表節(jié)點(diǎn)間的關(guān)系），布局以及其他信息。

　　此生物間關(guān)系可視化系統(tǒng)采用了快速網(wǎng)格布局算法作為其系統(tǒng)內(nèi)核， 提供了交互的直觀的圖形界面用來直觀顯示算法布局結(jié)果方便用戶交互式操作， 用戶能夠根據(jù)需要調(diào)整布局風(fēng)格并對(duì)生物間關(guān)系作初步的分析。除此以外，該系統(tǒng)還實(shí)現(xiàn)了當(dāng)今主流的生物數(shù)據(jù)庫(kù)接口。