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numexpr:你以為numpy已經(jīng)夠快了,其實它還可以更快

電子設(shè)計 ? 來源: 電子設(shè)計 ? 作者: 電子設(shè)計 ? 2020-12-14 23:53 ? 次閱讀
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開篇

python語言被廣泛用于數(shù)據(jù)分析和機(jī)器學(xué)習(xí)。但是,由于python的底層特性,python的運行速率低一直被廣泛詬病。其中,numpy和pandas的廣泛使用已經(jīng)將數(shù)據(jù)處理和機(jī)器學(xué)習(xí)的速率提升了幾個檔次。

但是,隨著數(shù)據(jù)的越來越多,很多人已經(jīng)不再滿足numpy和pandas的速度,從而退出了一批加速優(yōu)化拓展包。這篇文章主要介紹一個輕量、但是功能強(qiáng)大的python擴(kuò)展包 ”NumExpr",看看它是如何高效解析數(shù)學(xué)公式的。

NumExpr

NumExpr的使用及其簡單,只需要將原來的numpy語句使用雙引號框起來,并使用numexpr中的evaluate方法調(diào)用即可。

第一步:需要引入 numexpr 和 numpy 擴(kuò)展包;

/`import numexpr as ne

import numpy as np/`



第二步:創(chuàng)建兩個numpy的array - a 和 b;

a和b兩個所包含的數(shù)據(jù)個數(shù)為100萬個。

當(dāng)我們需要執(zhí)行簡單的加減乘除的時候,numexpr的效率已經(jīng)得到了很好地體現(xiàn),通過執(zhí)行 2 * a + 3 * b,如果直接操作,需要3.39 毫秒。但是,如果我們是用ne.evaluate加速,可以將時間縮短至1.55 毫秒。

numexpr在更加復(fù)雜的數(shù)學(xué)表達(dá)式運算中,表現(xiàn)到底如何呢?

當(dāng)我們使用如上所示的數(shù)學(xué)表達(dá)式,正常執(zhí)行需要28.3 ms。而通過numexpr的加速,只需要3.03 ms。



注意,numexpr是可以識別 sin 函數(shù)的,所以我們不需要在evaluate里面寫np.sin,可以直接寫 sin。

總結(jié):處理數(shù)據(jù)量越大,數(shù)學(xué)計算越復(fù)雜,則numexpr的加速效果越明顯。



numpy 和 numexpr 比較

我們可以看到,當(dāng)np.array的元素個數(shù)超過10e8,加速效果更加顯著。

numexpr也支持邏輯表達(dá)式和復(fù)數(shù)表達(dá)式的加速,有興趣的讀者朋友可以自行比較。

numexpr 多線程加速

numexpr還有一個重要的加速利器,多線程操作。通過 ne.set/_num/_threads(1) 可以設(shè)置線程的數(shù)量,更多的線程表示程序可以同時對數(shù)學(xué)表達(dá)式進(jìn)行計算。

如上所示,如果我們設(shè)置單線程,程序運行需要13.4 ms。設(shè)置了雙線程,速度則可以提升一倍。

numexpr對pandas的加速
numexpr的設(shè)計主要針對的是numpy。同樣的,我們知道pandas也是基于numpy開發(fā)的。自然,numexpr同樣可以被用來對pandas加速。

pandas中有一個eval方法就是運用了numexpr,對pandas代碼進(jìn)行優(yōu)化加速。

當(dāng)我們構(gòu)建幾個pandas的dataframe,然后對它們進(jìn)行運算的時候,pd.eval 可以將程序從原先的47.4 ms 加速到17.6 ms。

總結(jié)

通過以上的實例,numexpr對于numpy和pandas的加速是很顯著的,尤其當(dāng)數(shù)據(jù)量比較大和計算比較復(fù)雜的情況下。同時,numexpr的使用非常簡單。但是,我們需要注意的是,任何加速工具都會有局限性的,并不是所有的工作都可以使用numexpr進(jìn)行加速。

審核編輯 黃昊宇

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