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提高數(shù)據(jù)分析的科學(xué)性與透明度,用統(tǒng)計學(xué)“反轉(zhuǎn)”中心法則

hl5C_deeptechch ? 來源:DeepTech深科技 ? 作者:DeepTech深科技 ? 2021-01-06 14:23 ? 次閱讀
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“對我而言,回答了自己心中的問題或者做出一個新的發(fā)現(xiàn),這種成就感要遠(yuǎn)高于生活中的其他快樂?!崩铈阂顚Α堵槭±砉た萍荚u論》中國這樣說道。

而她的研究內(nèi)容在很多人眼里或許稍顯枯燥:針對前沿的生物學(xué)問題開發(fā)新的統(tǒng)計學(xué)方法,尤其著重于對大規(guī)?;蚪M和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行分析方法的開發(fā)。

由于高通量實(shí)驗(yàn)技術(shù)的發(fā)展,生命科學(xué)從一個靠觀察實(shí)驗(yàn)為主的學(xué)科逐漸變得更加需要定量化,而這些大規(guī)模數(shù)據(jù)的產(chǎn)生也需要算法才能夠進(jìn)行分析,從而總結(jié)出數(shù)學(xué)規(guī)律并用規(guī)律來刻畫事物的本質(zhì)。

加州大學(xué)洛杉磯分校(UCLA)統(tǒng)計系(已獲得終身教職)副教授和博士生導(dǎo)師,生物統(tǒng)計系、人類遺傳學(xué)系和計算醫(yī)學(xué)系博士生導(dǎo)師李婧翌認(rèn)為,生命科學(xué)作為一個“宏科學(xué)”,盡管問題的本質(zhì)與生命強(qiáng)相關(guān),但研究手段需要各個學(xué)科一起合作,計算則是其中非常重要的一部分,大數(shù)據(jù)也需要有非常適合的挖掘工具,這對于從小對數(shù)學(xué)與科學(xué)有強(qiáng)烈興趣、并在本科與博士階段分別接受了生命科學(xué)與生物統(tǒng)計學(xué)系統(tǒng)教育的李婧翌有強(qiáng)大的吸引。

李婧翌的研究專注于統(tǒng)計學(xué)與生命科學(xué)的交叉問題,她首創(chuàng)性地使用嚴(yán)格的統(tǒng)計學(xué)來分析已發(fā)表的轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白組學(xué)數(shù)據(jù),發(fā)現(xiàn)在過往研究中,由于研究人員對測量誤差的忽略,轉(zhuǎn)錄的重要性被嚴(yán)重低估,該分析挑戰(zhàn)了“翻譯比轉(zhuǎn)錄重要”的觀點(diǎn)卻支持了之前大量在 mRNA 轉(zhuǎn)錄水平的科學(xué)發(fā)現(xiàn)。因其重要性,李婧翌的研究結(jié)果被發(fā)表在 Science 雜志并收錄于本科教材 Molecular Cell Biology 中。

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圖 | 左圖是論文 B.Schwanh?usseretal.,Nature473,337(2011) 中在不考慮實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)誤差的情況下對轉(zhuǎn)錄、翻譯、mRNA 降解和蛋白質(zhì)降解這四個步驟對于蛋白質(zhì)含量的貢獻(xiàn)的估計;右圖是在校正了實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)誤差之后的估計。(來源:李婧翌的論文 Li et al. (2015). Statistics requantitates the central dogma. Science347(6226):1066-1067.)

此外,李婧翌團(tuán)隊(duì)還開發(fā)了大量生物信息學(xué)工具在組織和單細(xì)胞水平上對 mRNA 分子進(jìn)行全系統(tǒng)測量,并正在開發(fā)一項(xiàng)能夠?qū)ふ业饺巳簛喰椭泻图膊∠嚓P(guān)的基因變異的新的統(tǒng)計度量。

憑借上述優(yōu)異的研究成果,李婧翌成功入選 《麻省理工科技評論》“35 歲以下科技創(chuàng)新 35 人”(Innovators Under 35)2020 年中國區(qū)榜單。

圖 |《麻省理工科技評論》“35 歲以下科技創(chuàng)新 35 人”2020 年中國區(qū)榜單入選者李婧翌

無心插柳,卻顛覆固有認(rèn)知

早在 1958 年,中心轉(zhuǎn)錄法則便被提出,它指的是遺傳信息被編碼在 DNA 中,通過轉(zhuǎn)錄會變成 mRNA,再通過翻譯的過程變成蛋白質(zhì),這是所有有細(xì)胞結(jié)構(gòu)的生物所遵循的法則。 在這個過程中,除了轉(zhuǎn)錄和翻譯生成了 mRNA 和蛋白質(zhì)這兩個步驟,還存在 mRNA 和蛋白質(zhì)的降解,這四個步驟共同決定了每一個基因所對應(yīng)的蛋白質(zhì)到底在我們細(xì)胞中存在多少量。不過,此前中心轉(zhuǎn)錄法則是一個定性表述,“沒有人知道每一步的速率是多少,也沒有人知道對最后蛋白質(zhì)含量的影響有多少?!? 在李婧翌博士即將畢業(yè)之時,她與合作者 Mark Biggin 博士共同研究中心轉(zhuǎn)錄法則的定量工作。偶然的一次機(jī)會,李婧翌和合作者發(fā)現(xiàn),2011 年發(fā)表在Nature上的一篇文章首次在小鼠的全基因組的基因中進(jìn)行了 4 項(xiàng)步驟的測量,其得出的結(jié)論是每個基因的 mRNA 的含量對于蛋白質(zhì)含量的預(yù)測效果比較差,也就是說一個基因內(nèi) mRNA 的高或低并不太能代表它的蛋白質(zhì)含量的高或低。 “這在當(dāng)時是個非常讓人震驚的結(jié)論。因?yàn)槲覀冇泻芏鄬?shí)驗(yàn)手段可以用來研究 mRNA,但是研究蛋白質(zhì)相對困難很多,所以大量生物學(xué)的發(fā)現(xiàn)成果都圍繞 mRNA 的含量水平。如果這篇文章的結(jié)果為真,那么之前很多 mRNA 的結(jié)果可能都沒有什么意義了?!崩铈阂罱忉尩馈? 當(dāng)李婧翌與合作伙伴看到這篇文章時,他們觀察到這項(xiàng)工作是將高通量質(zhì)譜轉(zhuǎn)化為蛋白質(zhì)含量,但在轉(zhuǎn)化過程中,它的標(biāo)準(zhǔn)實(shí)際上只基于高表達(dá)蛋白,并假設(shè)同樣的轉(zhuǎn)換方式也適用于低表達(dá)蛋白,由此導(dǎo)致了研究里面很多低表達(dá)蛋白的表達(dá)指征是很不準(zhǔn)的,也就意味著高通量蛋白質(zhì)測量很有可能存在誤差。 為了解決這一疑惑,李婧翌將實(shí)驗(yàn)誤差考慮進(jìn)建模后發(fā)現(xiàn),實(shí)際上 mRNA 和蛋白質(zhì)含量的相關(guān)性比 Nature 的文章報道的要高很多,轉(zhuǎn)錄的重要性被嚴(yán)重低估。這項(xiàng)“無心插柳”的研究結(jié)果被發(fā)表在 Science 雜志并收錄于本科教材 Molecular Cell Biology 中。 李婧翌對《麻省理工科技評論》中國回憶道:“我覺得很有趣的一點(diǎn)是,我們將很基本的統(tǒng)計方法用到了正確的問題上,從而發(fā)現(xiàn)了非常意想不到的結(jié)果。這也說明了考慮數(shù)據(jù)測量的隨機(jī)性和數(shù)據(jù)噪音對科學(xué)結(jié)論十分重要?!边@一年,李婧翌還不到 30 歲??蒲信c教育同樣重要 作為一個青年科學(xué)家,李婧翌認(rèn)為,保持對未知問題的好奇心,用研究拓寬人類的知識邊界,是支撐她科研工作的重要推動力。 作為一個科研人員,李婧翌認(rèn)為目前的統(tǒng)計分析還遠(yuǎn)遠(yuǎn)談不上科學(xué),“如果一個分析人員在寫研究報告時沒有記錄分析的每一步,而只是簡略地記錄一個結(jié)果,那最終結(jié)果就不太透明,并且可能也不能被重復(fù),可信度就要大打折扣?!? 此外,李婧翌提到,如果要將最新研究的統(tǒng)計學(xué)方法發(fā)表在比較好的學(xué)術(shù)雜志上,通常情況下做的越復(fù)雜越容易發(fā)表,這就導(dǎo)致統(tǒng)計學(xué)領(lǐng)域出現(xiàn)一個通?。汉芏嘟y(tǒng)計方法都比較像“黑箱”,它們過于復(fù)雜,也沒有給實(shí)際應(yīng)用的人員講授清楚優(yōu)缺點(diǎn)到底在哪里。

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圖 | 對于同樣的一套多個病人樣本中的基因表達(dá)數(shù)據(jù),病人是觀測值,而基因是特征。大部分的病人已知得病或未得病。如果研究問題是:基因A是否為一個有效的疾病標(biāo)志物,那么假設(shè)檢驗(yàn)是合適的統(tǒng)計方法。而如果研究問題是:1號病人是否得病,那么二元分類是合適的統(tǒng)計方法。(來源:李婧翌的論文Li et al. (2020). Statistical hypothesis testing versus machine-learning binary classification: distinctions and guidelines. Patterns 1(7):110115.)

作為一個有交叉學(xué)科背景的研究人員,李婧翌充分利用了這一點(diǎn):能夠更好地讓生命科學(xué)領(lǐng)域的數(shù)據(jù)分析人員去理解現(xiàn)有的一些經(jīng)典方法的優(yōu)缺點(diǎn)和適用范圍,同時,李婧翌自己發(fā)展新方法也將以此為目標(biāo),創(chuàng)造出更透明、更穩(wěn)定的統(tǒng)計學(xué)方法。舉例而言,李婧翌在最近發(fā)表的一篇文章中就嘗試對兩種常用但經(jīng)常被混淆的統(tǒng)計方法:假設(shè)檢驗(yàn)和二元分類,進(jìn)行解釋并闡述這兩種方法各自適用的數(shù)據(jù)分析問題。譬如對致癌基因和抑癌基因的預(yù)測問題,李婧翌解釋了為什么基于現(xiàn)有的大數(shù)據(jù),二元分類是一個更加適用的統(tǒng)計方法。 作為教師,李婧翌致力于將統(tǒng)計方法開發(fā)和實(shí)際應(yīng)用的重要性更緊密的結(jié)合。 李婧翌認(rèn)為,無論中美,目前統(tǒng)計學(xué)的基礎(chǔ)教育中都有很多過時的教學(xué)內(nèi)容,因?yàn)楹芏嘤嬎愣家呀?jīng)可以依靠計算機(jī)的程序包來進(jìn)行自動化運(yùn)算。統(tǒng)計學(xué)教育更重要的應(yīng)該是去教授學(xué)生為什么需要統(tǒng)計學(xué),數(shù)據(jù)背后的隨機(jī)性應(yīng)該怎么去理解,以及數(shù)據(jù)分析到底想解決什么問題,“我覺得這些其實(shí)是統(tǒng)計教育需要改變的的東西,我希望我能夠發(fā)揮一些作用?!?

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原文標(biāo)題:提高數(shù)據(jù)分析的科學(xué)性與透明度,UCLA教授用統(tǒng)計學(xué)“反轉(zhuǎn)”中心法則

文章出處:【微信號:deeptechchina,微信公眾號:deeptechchina】歡迎添加關(guān)注!文章轉(zhuǎn)載請注明出處。

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