中國科學院上海有機化學研究所(簡稱上海有機所)是集基礎(chǔ)研究、應用研究和高技術(shù)創(chuàng)新研究為一體的綜合性化學研究機構(gòu),是中國科學院首批成立的 15 個研究所之一。從開展抗生素和高分子化學的研究起步,在以有機化學研究為中心的基礎(chǔ)研究、應用研究與高新技術(shù)開發(fā)、人才培養(yǎng)等方面均取得令人矚目的成就。
上海有機所立足基礎(chǔ)交叉前沿領(lǐng)域,堅持重大科學問題和國家重大需求導向,發(fā)揮有機合成化學的創(chuàng)造性,加強與生命科學、材料科學的交叉與融合;致力于推動我國化學轉(zhuǎn)化方法學、化學生物學、有機新材料創(chuàng)制科學等重點學科領(lǐng)域的發(fā)展。
上海有機所冷凍電鏡大數(shù)據(jù)計算系統(tǒng)建設(shè)方案
為了上海有機所能夠完成高效、專業(yè)的科學研究,榮聯(lián)為上海有機所提供了全套的冷凍電鏡數(shù)據(jù)分析計算、存儲解決方案,主要應用于冷凍電鏡的數(shù)據(jù)采集、預處理、分析處理、三維重構(gòu)、數(shù)據(jù)三維可視化等環(huán)節(jié),部署自動化數(shù)據(jù)處理流程。
通過部署冷凍電鏡大數(shù)據(jù)計算系統(tǒng),實現(xiàn)計算功能、存儲功能、Linux 3D 桌面云功能、集群管理與多用戶作業(yè)隊列管理功能和用戶存儲配額管理功能,同時完成對集群管理軟件系統(tǒng)、電鏡數(shù)據(jù)處理流程相關(guān)軟件、自動化電鏡數(shù)據(jù)采集與處理流程腳本等內(nèi)容的安裝調(diào)試。
服務器層面,采用CPU+GPU系統(tǒng)計算服務器,均使用國有自主品牌高性能機架式服務器,適用于AI云、生命科學、醫(yī)療等應用場景;
存儲層面,采用完全分布式的、統(tǒng)一的存儲系統(tǒng),提供便捷部署且可大規(guī)模擴展的集群存儲平臺,基于集群技術(shù)、分布式文件系統(tǒng),提供文件存儲服務,集群存儲系統(tǒng)可輕松擴展到數(shù)PB容量;
采用3D 云桌面系統(tǒng)提供多用戶同時在線計算作業(yè),通過 Web Linux桌面進行Relion/MotionCorr2/Pymol/Coot/CCP4等業(yè)務軟件的作業(yè)提交、作業(yè)監(jiān)控與數(shù)據(jù)管理,支持用戶通過 Web Linux桌面實時處理3D性能加速的Linux桌面應用;
計算、存儲設(shè)備配置Infiband接口,和原設(shè)備IB互聯(lián),配置千兆交換機,作為管理網(wǎng)絡;
科學研究更加高效
通過冷凍電鏡大數(shù)據(jù)計算系統(tǒng)的建設(shè),上海有機所具備了完全的冷凍電鏡結(jié)構(gòu)分析能力,借助該系統(tǒng)打通下機數(shù)據(jù)采集、傳輸壁壘,直接接入和控制冷凍電鏡光學系統(tǒng),實現(xiàn)從數(shù)據(jù)采集到二維和三維生物結(jié)構(gòu)的分析,使數(shù)據(jù)預處理、數(shù)據(jù)可視化更加高效。
著眼于各種規(guī)模的冷凍電鏡設(shè)施,針對多用戶場景下規(guī)?;睦鋬鲭婄R數(shù)據(jù)計算實踐中的痛點問題,上海有機所冷凍電鏡大數(shù)據(jù)計算系統(tǒng)支持全自動化的數(shù)據(jù)分析流程和實時數(shù)據(jù)質(zhì)量信息反饋,具有完備的、可視化的數(shù)據(jù)管理以及計算歷史追蹤和統(tǒng)計分析能力。
目前,榮聯(lián)冷凍電鏡數(shù)據(jù)分析平臺解決方案主要應用于生命科學蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)解析工作線中,已成功服務于清華大學、水木未來等重點行業(yè)客戶,積累了豐富的行業(yè)經(jīng)驗。
審核編輯:符乾江
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