單片機與PLC的程序設計有很大的區(qū)別，單片機的全部程序都是用戶設計的，PLC的程序包括系統(tǒng)程序（西門子稱為操作系統(tǒng)）和用戶程序。操作系統(tǒng)用來組織與具體的控制任務無關的所有的CPU功能。操作系統(tǒng)的任務包括處理啟動過程，刷新輸入/輸出過程映像，調(diào)用用戶程序，檢測中斷事件和調(diào)用中斷組織塊，檢測和處理錯誤，管理存儲器，以及處理通信任務等。PLC的很多功能，例如掃描工作方式、定時器功能和中斷處理，是操作系統(tǒng)完成的。在畫流程圖時，應考慮這個問題。
PLC的開關量控制系統(tǒng)的程序用順序功能圖來描述比較簡潔。用流程圖來描述PLC的用戶程序原則上也是可以的，但是應區(qū)分哪些功能是操作系統(tǒng)完成的，哪些是用戶程序?qū)崿F(xiàn)的。

例如有人問是否需要用跳轉(zhuǎn)指令來等待某個信號上升沿的出現(xiàn)，這是一種單片機編程的思維。PLC的掃描工作方式在每一掃描周期開始時讀取全部的開關量輸入，根據(jù)前后兩個掃描周期同一輸入點狀態(tài)的變化來判斷是否有上升沿出現(xiàn)。所以不需要用往回跳的跳轉(zhuǎn)指令來等待某個輸入信號的出現(xiàn)。如果用這種方法來查詢信號的狀態(tài)變化，PLC不能干別的事情，因為它的全部精力都用在查詢上了！而這種查詢是在一個掃描周期內(nèi)進行的，將使掃描周期變得很長，很容易造成監(jiān)控定時器（看門狗）超時的錯誤。
在PLC的用戶程序中，只需要用一條檢測上升沿的指令就可以捕捉到脈沖信號的上升沿。如果要求快速響應，可以采用中斷方式，在脈沖信號的上升沿由系統(tǒng)程序調(diào)用用戶編寫的中斷程序。