SBC ceRNA芯片

環(huán)狀RNA（circRNA）在真核生物中廣泛存在的發(fā)現(xiàn)使轉(zhuǎn)錄家族又增加了重要一員，lncRNA研究也正如火如荼，復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄、轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)研究如何走捷徑？SBC ceRNA芯片是一個全轉(zhuǎn)錄組+產(chǎn)品，不僅同時檢測circRNA、lncRNA等非編碼RNA和編碼蛋白的mRNA,并同時獲得circRNA、lncRNA功能預(yù)測結(jié)果，為進(jìn)一步功能研究提供參考。circRNA、lncRNA作為競爭性內(nèi)源RNA（ceRNA），競爭性結(jié)合miRNA，從而調(diào)控miRNA靶基因的表達(dá),這樣的作用方式廣泛存在，ceRNA芯片也同樣是ceRNA研究的不二之選。

基因芯片作為一個成熟的技術(shù)平臺，二十幾年來被廣泛用于基因表達(dá)譜的檢測。對于lncRNA、circRNA基因表達(dá)譜檢測，基因芯片比RNA測序有許多重要且不可替代的優(yōu)勢：

芯片利用寡核苷酸探針與目的基因堿基互補(bǔ)雜交、掃描獲得的熒光信號來檢測表達(dá)豐度。與RNA測序相比，芯片檢測的準(zhǔn)確性受低豐度轉(zhuǎn)錄本的影響更小，更適合檢測整體表達(dá)豐度低的lncRNA、circRNA。由于提高測序深度會增加加工不完全RNA的檢出機(jī)率，提高測序深度可能引起可靠性的下降。

lncRNA不具有蛋白的翻譯起止位置，RNA測序?qū)ncRNA轉(zhuǎn)錄本鑒定的可靠性要低于mRNA。而芯片探針較短可以進(jìn)行特異性設(shè)計，檢測更特異。

circRNA具有特殊的環(huán)狀結(jié)構(gòu)，但其線性序列和線性基因難以區(qū)分，需要單獨的去線性建庫才能利用RNA測序來檢測circRNA，不能同時檢測多種RNA。

芯片設(shè)計策略：

Human ceRNA芯片設(shè)計流程圖

探針設(shè)計策略：

芯片特點:

·circRNA探針設(shè)計在反向剪接位點，特異性強(qiáng)

·技術(shù)成熟、靈敏度高：芯片比測序更適合檢測表達(dá)量低的lncRNA、circRNA

·實驗周期短，數(shù)據(jù)分析方法成熟、快速

·收錄lncRNA、circRNA全面、可靠，并及時更新

·功能機(jī)制預(yù)測，為深入研究circRNA、lncRNA生物學(xué)功能提供參考，包括：

高保守lncRNA；lncRNA結(jié)合蛋白預(yù)測；lncRNA生物學(xué)功能預(yù)測；lncRNA亞細(xì)胞定位；疾病相關(guān)lncRNA預(yù)測；super enhancer lncRNA；enhancer lncRNA；疾病相關(guān)circRNA預(yù)測。

主要參數(shù):

責(zé)任編輯：xj

原文標(biāo)題：SBC ceRNA芯片

文章出處：【微信公眾號：上海生物芯片】歡迎添加關(guān)注！文章轉(zhuǎn)載請注明出處。