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開發(fā)一種計算機視覺方法來自動識別芯片上的陽性和陰性樣本

微流控 ? 來源:EngineeringForLife ? 2023-08-28 11:23 ? 次閱讀
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微流體的運輸、分配和混合通常需要借助額外的器件,如泵和閥門,不利于其在即時診斷(POC)裝置中的應(yīng)用。因此,美國加州大學(xué)Du Ke教授及其團隊提出了一種簡單的微流控病原體檢測系統(tǒng),稱為旋轉(zhuǎn)芯片,通過手動旋轉(zhuǎn)兩個同心層在微孔之間轉(zhuǎn)移試劑,而不使用外部儀器。該旋轉(zhuǎn)芯片是由一個簡單的計算機數(shù)控(CNC)加工工藝制造的,并能夠通過一個簡單的30度或60度旋轉(zhuǎn)進行60次多路反應(yīng)。利用超疏水涂層,在沒有明顯泄漏的情況下,流體輸送效率可以達到92.78%。與細胞內(nèi)熒光檢測相結(jié)合,對耐淀粉類大腸桿菌(E. coli)的芯片上檢測限為1.8×10?CFU/mL,這與該研究的芯片外檢測結(jié)果相似。此外,該研究還開發(fā)了一種計算機視覺方法來自動識別芯片上的陽性和陰性樣本,顯示了100%的準確性。

該旋轉(zhuǎn)芯片具有簡單、低成本和高通量的優(yōu)勢,并可以用單個芯片圖像顯示測試結(jié)果,是在資源有限的環(huán)境下進行各種多路復(fù)用POC應(yīng)用的理想選擇。相關(guān)研究內(nèi)容以“Superhydrophobic Rotation-Chip for Computer-Vision Identification of Drug-Resistant Bacteria”為題發(fā)表在ACS AMI期刊上。

圖1a顯示了大腸桿菌檢測試驗的結(jié)果,在透照器的紫外光下,在旋轉(zhuǎn)芯片中可以觀察到定性檢測結(jié)果。圖1b顯示了旋轉(zhuǎn)芯片作為一對數(shù)控加工的具有不同特征的聚碳酸酯圓盤的組裝。圖1c及其附屬橫截面圖顯示了在試驗中運行測試組的操作機制,其中藍色和紅色液體分別代表試劑和樣品。在圖1d中,兩步芯片執(zhí)行相同的流體動力學(xué),但加入二次試劑產(chǎn)生兩種試劑的混合物,在60度旋轉(zhuǎn)結(jié)束時混合樣品,分別用紅色、紫色和黃色表示。

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圖1 旋轉(zhuǎn)芯片的設(shè)計和操作

圖2a分別為無涂層的旋轉(zhuǎn)芯片、特氟隆涂層和neverwet涂層的接觸角(從左到右),其中,NeverWet涂層處理的疏水性最強,其靜態(tài)接觸角為156.8°。旋轉(zhuǎn)芯片在NeverWet涂層前后的掃描電鏡圖像如圖2b所示,NeverWet涂層由氟碳涂層的二氧化硅顆粒組成,以產(chǎn)生表面粗糙度和天然的超疏水性。NeverWet涂層旋轉(zhuǎn)芯片在不同條件下的泄漏計數(shù)如圖2c所示。圖2d顯示了未涂層、聚四氟乙烯涂層和NeverWet涂層旋轉(zhuǎn)芯片的傳輸效率結(jié)果,NeverWet涂層芯片運輸92.78%,而特氟隆涂層的試劑僅為86.02%。圖2e是在NeverWet涂層前后的兩步芯片上的食品染料演示,在NeverWet涂層(上排)之前,在試劑加載和芯片旋轉(zhuǎn)過程中都有液體泄漏,經(jīng)過NeverWet涂層(下排)后,液體泄漏顯著最小化,避免了樣品污染,提高了試劑利用率,提供了更準確的結(jié)果讀數(shù)。

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圖2 旋轉(zhuǎn)芯片的表面處理及傳輸效率

圖3a顯示了β-gal對非熒光FDG的兩步連續(xù)水解,首先將其轉(zhuǎn)化為單-半乳糖苷酶(FMG),然后轉(zhuǎn)化為高熒光熒光素(激發(fā)/發(fā)射,488/512),可以通過LED透照器檢測到。對純化的不同活性(0 - 1 U)的β-gal進行反應(yīng)的芯片外檢測結(jié)果的熒光強度(512 nm)如圖3b所示。隨著β-gal濃度的增加,F(xiàn)DG水解產(chǎn)生更多的熒光素,熒光強度增加(圖3c)。在上片實驗中,在試劑陣列中加入100μL FDG,每孔中依次加入5μLβ-gal。經(jīng)過旋轉(zhuǎn)和孵育后,用LED照明器從底部激發(fā)芯片,結(jié)果如圖3d所示。

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圖3 β-半乳糖苷酶(β-gal)對熒光素二?-D-半乳糖糖苷(FDG)的影響

如圖4a所示,當大腸桿菌濃度高于1.8×10?CFU/mL時,用肉眼可以很容易地觀察到陽性組和陰性組之間的熒光差異。然后用熒光光譜儀定量各組的熒光強度,在FDG濃度為0.25 nM時的結(jié)果如圖4b所示。當FDG濃度為0.25 nM時,四組間的積分熒光信號最高,log-log線性擬合最佳(Pearson‘s r = 0.9734)(圖4c),因此選擇了0.25 nM的FDG進行上片實驗。孵育前的FDG和大腸桿菌負載芯片,大腸桿菌濃度在1.8×10?~9×10?CFU/mL之間(圖4d(上))。當大腸桿菌濃度高于1.8 ×10?CFU/mL時,很容易觀察到熒光信號,與芯片外的結(jié)果相當(圖4d(底部))。

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圖4 通過改變FDG濃度優(yōu)化大腸桿菌

圖像處理和測試樣本分類的整個管道如圖5所示。將檢測到的陽性樣本與陰性樣本分離,最終獲得了100%的分類準確率。

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圖5 計算機視覺的圖像處理和測試結(jié)果

綜上所述,旋轉(zhuǎn)芯片與其他POC系統(tǒng)相比,由于其設(shè)計、操作和可制造性,在病原體檢測方面有許多優(yōu)勢。首先,旋轉(zhuǎn)芯片的設(shè)計具有良好的便攜性、高通量和可靠性。通過采用旋轉(zhuǎn)設(shè)計,旋轉(zhuǎn)芯片可以提供相同的流體操作,同時保持所有敏感特性在一個覆蓋狀態(tài),并保持機械完整。這種設(shè)計降低了芯片的空間足跡,并增加了其最大特征密度,以提高可移植性和通量。疏水性表面處理是一種有效的防泄漏解決方案,而不影響機械完整性或需要專用密封,可以通過使用市面上廉價且易于應(yīng)用的的噴涂涂層來實現(xiàn)超疏水表面。其次,旋轉(zhuǎn)芯片的簡單設(shè)計只需要一個簡單的手動操作,以及一個簡單的四步過程:加載、旋轉(zhuǎn)、孵育和讀取。用戶可以遵循上述流程,在無需使用復(fù)雜實驗室設(shè)備或解釋熒光曲線的情況下獲得定性結(jié)果。這降低了過程的復(fù)雜性,并進一步降低了成本,無需使用水浴及其附件供應(yīng),如可密封袋,以防止水在孵化期間進入芯片。在未來,智能手機應(yīng)用程序可以開發(fā)使用本研究中強大的計算機視覺的方法,并直接與旋轉(zhuǎn)芯片結(jié)合,以精確、自動和高通量的檢測應(yīng)用程序。






審核編輯:劉清

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原文標題:超疏水微流控旋轉(zhuǎn)芯片,用于耐藥細菌的計算機視覺識別

文章出處:【微信號:Micro-Fluidics,微信公眾號:微流控】歡迎添加關(guān)注!文章轉(zhuǎn)載請注明出處。

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