2017年12月，谷歌發(fā)布了一款新的人工智能工具，可利用基因測序數(shù)據(jù)準確地構建人類的基因組圖像。雖然科學家在約十五年前就已經(jīng)首次完成人類基因組的測序工作，但在十五年后的今天，理解編碼人類生命的海量數(shù)據(jù)仍然是艱難挑戰(zhàn)，而這正是機器學習技術擅長解決的那類問題。

谷歌于2017年12月4日星期一發(fā)布了一款名為DeepVariant的工具。該工具使用最新的人工智能（AI）技術，通過測序數(shù)據(jù)構建更加準確的人類基因組圖像。

DeepVariant可幫助將高通量測序讀數(shù)轉換為全基因組圖像。它會自動識別測序數(shù)據(jù)中的小型插入和缺失突變，以及單堿基對突變。

高通量測序技術在二十一世紀初得到廣泛應用，讓基因組測序變得更加普遍。但使用此類系統(tǒng)生成的數(shù)據(jù)僅能提供有限且容易出錯的全基因組概況。對于科學家而言，將測序流程中生成的隨機錯誤與小型突變區(qū)分開來十分具有挑戰(zhàn)性，特別是在基因組的重復部分。這些突變可能會與癌癥等疾病直接相關。

目前存在多款可用于解讀此類讀數(shù)的工具，其中包括GATK、VarDict和FreeBayes。但是，這些軟件程序通常使用簡單的統(tǒng)計方法和機器學習方法，嘗試通過排除讀取錯誤來確定突變。

“其中一個挑戰(zhàn)在于基因組的疑難部分，每款[工具]都有其優(yōu)勢和劣勢，”測試過DeepVariant早期版本的哈佛大學公共衛(wèi)生學院研究科學家Brad Chapman表示?！斑@些疑難部分對于臨床測序工作而言日益重要，因而必須采用多種方法?！?/p>

DeepVariant由來自谷歌大腦（Google Brain）團隊（專注于開發(fā)和應用人工智能技術）和Verily（專注于生命科學領域的Alphabet[前身為谷歌]子公司）的研究人員開發(fā)。

該團隊通過Genome in a Bottle（瓶中基因組，GIAB）項目收集了數(shù)百萬高通量讀數(shù)及全測序基因組。這個項目是公立部門和私立部門聯(lián)合推動使用基因組測序工具及技術的成果。他們向深度學習系統(tǒng)提供數(shù)據(jù)并精心調整模型參數(shù)，直到相關模型學會以高準確度解讀測序數(shù)據(jù)。

2016年，DeepVariant在美國食品藥品監(jiān)督管理局（FDA）舉辦的PrecisionFDA Truth Challenge比賽中贏得了第一名，這項比賽旨在推動更加準確地進行基因測序。

“DeepVariant的成功具有重要意義，因為它表明在基因組學領域，深度學習技術可用于自動訓練表現(xiàn)優(yōu)于復雜手動操作系統(tǒng)的系統(tǒng)，”加拿大Deep Genomics公司的首席執(zhí)行官Brendan Frey說道。

DeepVariant的發(fā)布是機器學習技術有望推動基因組學進步的最新標志。

Deep Genomics是嘗試使用人工智能方法（例如深度學習）梳理出疾病的發(fā)病基因并確定可能的藥物療法的數(shù)家公司之一。