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“建物致知”的合成生物學!引領“第三次生物科技革命”的合成生物學

bzSh_drc_iite ? 來源:未知 ? 作者:李倩 ? 2018-08-10 11:45 ? 次閱讀
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真正的顛覆性技術具有兩個共性:一是基于堅實的科學原理,它不是神話或幻想,而是對科學原理的創(chuàng)新性應用;二是跨學科、跨領域的集成創(chuàng)新,并非設計、材料、工藝領域的“線性創(chuàng)新”?!炜锏?,中國工程院院士

曾與諾貝爾獎獲得者屠呦呦一道為世人所熟知的青蒿素,最初是從植物黃花蒿提取而來。但是植物提取存在占用耕地、依賴環(huán)境氣候、提取過程繁瑣等問題。21世紀初,杰·基斯林將青蒿素的基因引入人造酵母——也就是說,只要給酵母喂點淀粉,再用發(fā)酵罐均勻一搖,人工改造的酵母就能像“釀酒”一樣生產(chǎn)出大量的青蒿素。這個意義不可小覷——解決青蒿素的生產(chǎn)原料問題,從某種意義上就是解決了治療瘧疾藥物的生產(chǎn)問題。有統(tǒng)計顯示,杰·基斯林的這種方法使用可控的100立方米工業(yè)發(fā)酵罐,足以替代5萬畝的傳統(tǒng)農(nóng)業(yè)種植。事實上,合成生物學還被寄于更高的期望。

作為21世紀生物學領域新興的一門學科,合成生物學是分子和細胞生物學、進化系統(tǒng)學、生物化學、信息學、數(shù)學、計算機和工程學等多學科交叉的產(chǎn)物。發(fā)展迄今,已在生物能源、生物材料、醫(yī)療技術以及探索生命規(guī)律等諸多領域取得了令人矚目的成就。2014年,美國國防部將其列為21世紀優(yōu)先發(fā)展的六大顛覆性技術之一;英國商業(yè)創(chuàng)新技能部將合成生物技術列為未來的八大技術之一;我國在2014年完成的第三次技術預測中,將合成生物技術列為十大重大突破類技術之一。我國在“十三五”科技創(chuàng)新戰(zhàn)略規(guī)劃中,已將合成生物技術列為戰(zhàn)略性前瞻性重點發(fā)展方向。

“建物致知”的合成生物學

諾貝爾物理學獎得主理查德·菲利普·費曼曾說,“我不能創(chuàng)造的東西,我就不理解”。合成生物學正是可以通過構(gòu)造人工生物系統(tǒng)來研究生命科學中的基本問題。它有兩個用途:一是通過人造細胞工廠進行高效生產(chǎn),“造來用”;二是通過人造生命了解生物基礎法則,“造來懂”。因此有學者稱這項技術為“建物致知”。

合成生物學的主要研究內(nèi)容分為三個層次:一是利用現(xiàn)有的天然生物模塊構(gòu)建新的調(diào)控網(wǎng)絡并表現(xiàn)出新功能;二是采用從頭合成方法人工合成基因組DNA;三是人工創(chuàng)建全新的生物系統(tǒng)乃至生命體?;驕y序、基因合成以及基因編輯技術的加速發(fā)展為合成生物學領域的研究奠定了堅實的基礎;而計算機、大數(shù)據(jù)、先進制造及自動化等技術為合成生物學的應用插上了騰飛的翅膀。

引領“第三次生物科技革命”的合成生物學

合成生物學是生物科學理論研究的重要突破,使人類能夠以“上帝視角”去了解生物的進化歷程和結(jié)構(gòu)機理。1953年DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)的發(fā)現(xiàn)被稱為第一次生物科技革命,它使生命科學研究進入到分子遺傳學和分子生物學時代。2003年人類基因組測序成功標志著第二次生物科技革命的到來,我們因此能夠大規(guī)模地“讀取”遺傳信息,并引領生命科學研究進入組學和系統(tǒng)生物學時代。而合成生物學是在系統(tǒng)生物學的基礎上,結(jié)合工程學理念,采用基因合成、編輯、網(wǎng)絡調(diào)控等新技術,來“書寫”新的生命體,或者改變已有的生命體,這將使人類對生命本質(zhì)的認識獲得質(zhì)的提升,從而引領了第三次生物科技革命。

另一方面,合成生物學又具有生物制造的屬性。生物制造經(jīng)歷了兩次革命。第一次發(fā)生在20世紀50?60年代,通過大規(guī)模發(fā)酵,使抗生素、氨基酸、維生素等藥品、食品和營養(yǎng)品實現(xiàn)工業(yè)化生產(chǎn),我們今天稱之為傳統(tǒng)生物技術。第二次發(fā)生在20世紀80年代,分子遺傳學的發(fā)展導致產(chǎn)生了基因操作技術,通過基因克隆、表達、修飾或轉(zhuǎn)移,實現(xiàn)了各種高附加值的生物制品生產(chǎn),“一個基因,一個產(chǎn)業(yè)”,發(fā)展成今天的生物技術戰(zhàn)略性新興產(chǎn)業(yè)。合成生物學則是利用系統(tǒng)生物學知識,借助工程科學概念,從基因組合成、基因調(diào)控網(wǎng)絡與信號轉(zhuǎn)導路徑,到細胞的人工設計與合成,完成單基因操作難以實現(xiàn)的任務,將極大地提升基因生物技術的能力并拓展其應用范圍。因此有理由認為,合成生物學正在催生第三代生物技術。

或?qū)⒂瓉懋a(chǎn)業(yè)爆發(fā)的合成生物學

????合成生物學概念被廣泛關注,最早可追溯到2004年在麻省理工學院舉辦的“合成生物學 1.0”大會。那次會議的最大亮點在于,風險投資機構(gòu)對合成生物學的進展感到非常興奮,他們看到了該領域研究對于生物學的重大意義,尤其是在生物能源方面。

在隨后的幾年內(nèi),有很多合成生物學初創(chuàng)公司相繼成立,融資額也相當巨大。但這并不是一個好的轉(zhuǎn)折點,甚至在某種程度上使合成生物學的發(fā)展遭遇挫折。當時合成生物學在生物能源方面的研究成果并不具有經(jīng)濟效益,在規(guī)?;矫娓緹o法與傳統(tǒng)化石能源相抗衡。在隨后的五年內(nèi),這些公司相繼倒閉,那也是合成生物學商業(yè)化進程中失去的五年。

近年來,伴隨CRISPR等基因組編輯技術的不斷革新,以及同樣快速發(fā)展的大數(shù)據(jù)、人工智能機器人技術等,合成生物學的前景變得越來越明確,合成生物學的產(chǎn)業(yè)化發(fā)展迎來一個爆發(fā)期,具有以下幾方面新的表現(xiàn):

第一,涉及領域越來越廣。從生物能源擴展到生物基材料、微生物機器人、食品、農(nóng)業(yè)、生物醫(yī)藥、疾病治療、稀有資源量產(chǎn)、環(huán)境修復以及生物工程技術平臺的開發(fā)等諸多領域。

例如日本科學家將放線菌的基因轉(zhuǎn)移到大腸桿菌,通過設計新的代謝途徑,生產(chǎn)出可耐400攝氏度高溫的生物塑料。整個生產(chǎn)過程節(jié)約能源并減少了二氧化碳的排放。作為產(chǎn)品的生物塑料可自然降解,有利于保護環(huán)境。

美國最大的合成生物學創(chuàng)業(yè)公司Ginkgo Bioworks,通過將玫瑰的基因整合到酵母的基因組上,實現(xiàn)了利用酵母大量生產(chǎn)價格昂貴的玫瑰精油。該公司已與法國知名香水企業(yè)建立了合作關系,市場前景值得期待。

(合成生物學企業(yè)融資,數(shù)據(jù)來源:synbiobeta)

第二,初創(chuàng)企業(yè)大幅增加,融資額不斷增長。據(jù)美國SynBioBeta數(shù)據(jù)顯示,全球合成生物公司今年第一季度共獲投資6.5億美元,規(guī)模達去年同期的2倍;第二季度投資額達9.25億美元,較去年同期增長4倍,并且此時期獲資助公司多位于美國硅谷和美國東北部。全球合成生物產(chǎn)業(yè)2018年募資額有望達到30億美元。此外,英國合成生物學國家產(chǎn)業(yè)轉(zhuǎn)化中心(SynbiCITE)于7月12日發(fā)布的《2017年英國合成生物學初創(chuàng)調(diào)查》顯示,英國在2000-2016期間共成立146家合成生物企業(yè),在此期間公司數(shù)量每5年翻一番;在2010-2014的五年期間,企業(yè)共獲得2.2億英鎊投資,是此前5年的5.5倍;企業(yè)在2015-2017期間獲得投資進一步增加,僅3年就募集超過4億英鎊投資。

(全球合成生物學融資歷史(2012-2016),數(shù)據(jù)來源:CB Insights)

第三,越來越多的頂級科學家投身創(chuàng)業(yè)大潮,科研成果的產(chǎn)業(yè)化進程提速。合成生物學公司Synlogic由麻省理工學院生物工程學教授、合成生物學先驅(qū)詹姆斯·柯林斯創(chuàng)辦,并于2017年8月在納斯達克上市;Ginkgo Bioworks公司由麻省理工學院計算機科學和合成生物學先驅(qū)湯姆·奈特參與創(chuàng)辦,目前已獲4.29億美元融資,估值超過10億美元;Synthetic Genomics公司由美國合成生物學先驅(qū)克萊格·文特爾(曾公然挑戰(zhàn) “國際人類基因組計劃”而聞名)及諾貝爾獎獲得者漢密爾頓·史密斯創(chuàng)辦;enEvolv由哈佛醫(yī)學院基因組研究中心主任喬治·丘奇創(chuàng)辦等。

學科交叉、融合創(chuàng)新的合成生物學

在中科院深圳先進技術研究院合成生物學工程研究中心有這樣一支隊伍,從學科來看,團隊中的12位課題組組長(PI),有研究微生物學的,有研究合成基因組學的,也有研究理論物理方向的,甚至有專攻微流控芯片的。這樣一個成立不足4年、平均年齡僅36歲的“雜牌軍”,卻在合成生物學領域取得了不俗的研究成果,至今已發(fā)表數(shù)篇《科學》論文,并吸引力了美國科學院院士、合成生物學領軍人物杰·基斯林來此建立聯(lián)合實驗室。

作為一個新興的交叉學科,傳統(tǒng)的生物學研究方法已經(jīng)滿足不了合成生物學的發(fā)展要求。計算機科學、工程學、理論物理學、數(shù)學等學科與生物學的深度交叉融合,才能碰觸出顛覆性的成果。告別“單打獨斗”的科研模式,真正打破科學家之間的“藩籬”和“圍墻”,或許是合成生物學給這個時代帶來的另一個顛覆。

聲明:本文內(nèi)容及配圖由入駐作者撰寫或者入駐合作網(wǎng)站授權轉(zhuǎn)載。文章觀點僅代表作者本人,不代表電子發(fā)燒友網(wǎng)立場。文章及其配圖僅供工程師學習之用,如有內(nèi)容侵權或者其他違規(guī)問題,請聯(lián)系本站處理。 舉報投訴

原文標題:合成生物學(一):“上帝視角”下21世紀最重要的生物技術平臺

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