概述了與英特爾工程師多年合作以改進Bowtie和Bowtie 2(以及另一個稱為HISAT的相關(guān)工具)以有效利用現(xiàn)代Intel CPU上的所有處理器核心的結(jié)果。包括在英特爾?Xeon?和英特爾?XeonφΦPhi?處理器上運行我們改進的代碼的結(jié)果。演講者描述了對代碼進行的一系列改進,包括集成IntelThreading Building Blocks庫,使用更適合NUMA系統(tǒng)的互斥實現(xiàn),以及完全了解NUMA的新穎的“隊列鎖”互斥實現(xiàn)。所有這些都導致了在測試系統(tǒng)上的線程縮放的改進。還描述了一系列結(jié)果,說明如何優(yōu)化代碼中的關(guān)鍵關(guān)鍵部分導致進一步的改進。這些結(jié)果得益于英特爾工具(如IntelInspector和IntelVTune}Ampli.)的戰(zhàn)略使用,為其他基因組學軟件工具提供了指南,供尋求類似地調(diào)整其軟件以更好地利用現(xiàn)代多核系統(tǒng)的作者參考。
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