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發(fā)視頻GUIDE－seq和Digenome－seq等全基因組CRISPR 檢測的關(guān)鍵技術(shù)介紹
2017-09-24 |
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資料介紹
在 2013 年，來自麻省總醫(yī)院的研究人員發(fā)現(xiàn)使用 CRISPR－Cas RNA 引導性核酸酶的一個重要局限：會在預(yù)期靶點以外的位點上生成多余的 DNA 突變。此后陸續(xù)有研究直接說明了 CRISPR／Cas9 存在嚴重的脫靶性，即該技術(shù)可以發(fā)生非特異性切割，引起基因組非靶向位點的突變，這樣會造成研究結(jié)果的不確定性以及研究工作的大量增加，這一問題嚴重地限制了 Cas9 的應(yīng)用。
因此科學家們希望能通過全基因組檢測脫靶剪切，近年來研發(fā)了不少檢測脫靶剪切酶活性的實驗方法，比如近期 Nature Methods 報道的兩項技術(shù)，這些技術(shù)是什么，具有何種優(yōu)勢，具體讓我們來看看：
GUIDE－seq 以往人們在檢測 CRISPR－Cas 核酸酶誘導的脫靶 DNA 斷裂時，往往事先假定脫靶位點與靶標位點相似。GUIDE－seq 是首個不需要這樣做的方法，而且它相當靈敏 。一組研究人員利用一種短雙鏈寡核苷酸來標記 CRISPR－Cas 誘導的脫靶斷裂，測序這些標簽所在的基因組區(qū)域，就能夠確定脫靶突變的位置。研究表明，就算某個脫靶突變的出現(xiàn)頻率低至 0．1％，GUIDE－seq 也能夠檢測得到。由于許多脫靶突變發(fā)生在與目標位點差異很大的地方，因此脫靶 DSB 的數(shù)量和位置是很難預(yù)測的。
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