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ComplexHeatmap包:個(gè)性化熱圖繪制利器

上海生物芯片 ? 來源:上海生物芯片 ? 2024-12-31 11:17 ? 次閱讀
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熱圖在很多文章中都有出現(xiàn),如何畫出讓人眼前一亮的熱圖?ComplexHeatmap包具有非常高的可定制性,無論是熱圖的顏色搭配、字體樣式,還是聚類方式、注釋信息,每一個(gè)細(xì)節(jié)都能按照您的想法精心雕琢。

官方介紹網(wǎng)站:

https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/

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下面來介紹幾個(gè)簡單又實(shí)用的個(gè)性化調(diào)整:

可指定分群數(shù),對(duì)熱圖的行、列進(jìn)行分割,也可按類型分割。分割后的間隙寬度可自行調(diào)節(jié)。

f1a2de10-c435-11ef-9310-92fbcf53809c.png

上圖將行、列按照類型各分為三類分別聚類(行分為A、B、C三類,列分為D、E、F),聚類樹上方顯示類型,各類型間的間隙寬度分別做了設(shè)置。

修改熱圖各區(qū)塊以及單個(gè)方格邊框的顏色、線型、線寬。

f1ca29ac-c435-11ef-9310-92fbcf53809c.png

上圖取消區(qū)塊間隔,并將區(qū)塊邊框設(shè)置為黑色虛線,單個(gè)方格的邊框設(shè)置成線寬為2的白色實(shí)線。

渲染聚類樹

f1f87898-c435-11ef-9310-92fbcf53809c.png

將不同分群的聚類樹渲染成不同顏色。

修改行、列標(biāo)簽樣式

f2246ab6-c435-11ef-9310-92fbcf53809c.png

上圖中行列標(biāo)簽按照分群調(diào)整了字體樣式,也可以只修改指定行或列的標(biāo)簽樣式,如下圖:

f2479874-c435-11ef-9310-92fbcf53809c.png

設(shè)置區(qū)塊樣式

f275c424-c435-11ef-9310-92fbcf53809c.png

上圖將行、列各分為兩個(gè)群,選出兩個(gè)區(qū)塊添加了黑色邊框,每個(gè)區(qū)塊中左右相鄰的兩個(gè)方格若同為正數(shù)則標(biāo)上深紅色點(diǎn),并用線連接,同為負(fù)數(shù)則顏色為深綠色。

百變熱圖,一招搞定,想好您的個(gè)性化設(shè)置參數(shù)了嗎?快去試一試吧!

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原文標(biāo)題:ComplexHeatmap包:個(gè)性化熱圖繪制利器

文章出處:【微信號(hào):SBCNECB,微信公眾號(hào):上海生物芯片】歡迎添加關(guān)注!文章轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出處。

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