資料介紹
Micrornas( mirnas)是一類長(zhǎng)約22~23堿基(nt)的單鏈非編碼RNA,在生物進(jìn)化方面有著重要意義。成熟的MIRNA會(huì)通過(guò)其種子序列(5‘第2-8位核苷酸)與 message Rnas( MRNAS)的3’UTR區(qū)域靶位點(diǎn)進(jìn)行完全或不完全配對(duì),實(shí)現(xiàn)切割mRNA及抑制mRNA翻譯等功能。由于 mirna結(jié)合mRNA靶位點(diǎn)的機(jī)制仍未明確,因此預(yù)測(cè) MIRNA靶位點(diǎn)的工作一直是 MIRNA研究領(lǐng)域的一大挑戰(zhàn)和難題。實(shí)驗(yàn)方法雖然準(zhǔn)確,但耗時(shí)長(zhǎng)且昂貴。在生物信息領(lǐng)域,基于規(guī)則匹配的常規(guī)計(jì)算方法雖然能進(jìn)行靶位點(diǎn)的預(yù)測(cè),但存在著準(zhǔn)確率偏低的問(wèn)題。隨著深度學(xué)習(xí)的興起及實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證數(shù)據(jù)及具體靶位點(diǎn)信息的豐富,基于深度學(xué)習(xí)的方法成為了 MIRNA靶位點(diǎn)預(yù)測(cè)領(lǐng)堿的硏究熱點(diǎn)。首先介紹了常用的 MIRNA預(yù)測(cè)數(shù)據(jù)集、預(yù)測(cè)類型和常見特征;之后對(duì)預(yù)測(cè)研究中常用的深度學(xué)習(xí)模型進(jìn)行闡述;接著介紹了常規(guī)的預(yù)測(cè)方法及基于深度學(xué)習(xí)的預(yù)測(cè)方法,并對(duì)這些方法進(jìn)行了分類總結(jié)和性能的對(duì)比分析;最后對(duì)使用深度學(xué)習(xí)的預(yù)測(cè)工作當(dāng)前存在的問(wèn)題及未來(lái)的發(fā)展進(jìn)行了探討。
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