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基于更緊湊的系統(tǒng)打造“芯片上的患者”

微流控 ? 來源:微流控 ? 作者:微流控 ? 2022-07-30 15:39 ? 次閱讀
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長期以來,如何預(yù)測候選藥物的安全性與有效性是一項艱巨的挑戰(zhàn)。當(dāng)前的大部分人工智能AI)制藥公司能夠利用來自于基因組學(xué)、小鼠體內(nèi)的臨床前數(shù)據(jù),然而這些數(shù)據(jù)對于預(yù)測臨床試驗階段的幫助卻十分有限。

相關(guān)研究表明,即便是具有競爭力的臨床前數(shù)據(jù)作為支持,仍有89%的藥物在臨床試驗過程中失敗。可以說,難以在人體中重現(xiàn)臨床前數(shù)據(jù)成為了藥物研究與轉(zhuǎn)化進(jìn)程中無法規(guī)避的困境。

近年來,基于微流控芯片技術(shù)的人體器官仿生技術(shù)——器官芯片(Organ-on-a-chip)逐漸興起,這種芯片能夠在體外模擬人體組織器官的結(jié)構(gòu)功能以及器官之間的聯(lián)通,從而取代小鼠、猴子等模式動物在藥物研發(fā)的臨床前階段中所扮演的受試者角色。

在此基礎(chǔ)上,位于以色列特拉維夫與波士頓的生物技術(shù)公司Quris將AI技術(shù)與多器官芯片“Patient-on-a-Chip”技術(shù)相結(jié)合,以此完成自動化和高通量的藥物測試。通過該技術(shù)平臺,人工智能算法能夠接收來自芯片上的大量數(shù)據(jù)從而完成算法訓(xùn)練,繼而用于預(yù)測一種藥物是否能夠在人體內(nèi)安全并且有效治療疾病。

目前,該公司的科學(xué)顧問委員會成員包括了Moderna聯(lián)合創(chuàng)始人Robert Langer,以及2004年諾貝爾化學(xué)獎獲得者Aaron Ciechanover博士等知名科學(xué)家。

此前,Ciechanover博士在一份聲明中表示:“簡而言之,我們不是老鼠。在動物試驗中行之有效的方法并不能說明其對于人類有效?!?/p>

基于更緊湊的系統(tǒng)打造“芯片上的患者”

器官芯片不僅僅是簡單地將干細(xì)胞生長的人體組織放置于一塊芯片中,事實上,它能夠允許空氣和血液流過微小的分層通道,從而模仿真實的人體環(huán)境。

不同類型和區(qū)域的器官芯片擁有不同的活動機制與生理功能,據(jù)哈佛大學(xué)Wyss仿生工程研究所的創(chuàng)始主任Donald E. Ingber博士介紹,“某些組織可以通過芯片內(nèi)的機制進(jìn)行擴張和收縮,以模擬肺或腸的運動。有些可以容納免疫細(xì)胞,甚至可以包含一個活的微生物組——能夠幫助消化食物并避免疾病侵害的細(xì)菌生態(tài)系統(tǒng)?!?/p>

早在2010年,Ingber的實驗室便率先推出了肺器官芯片;到了2020年,該研究所的研究人員將十余種器官芯片結(jié)合在一起,從而形成了一個完整的“人體”或“患者”系統(tǒng)Interrogator,其能夠在3周內(nèi)維持正常功能。

簡單來說,多器官芯片“Patient-on-a-Chip”是將不同種類的器官芯片連接在一起,并讓流體在各個芯片之間毫無阻礙的流動,也稱為微生理系統(tǒng)。其優(yōu)勢之一在于,這些芯片中包含由干細(xì)胞分化的活的人體組織,因此基于其進(jìn)行實驗?zāi)軌虼龠M(jìn)與人類相關(guān)的試驗進(jìn)展,而不再需要動物試驗。

長期以來,在小鼠、猴子等哺乳動物身上開展試驗是各類藥物與療法轉(zhuǎn)化路上的巨大“絆腳石”。一方面,高昂的動物研究費用導(dǎo)致大部分試驗在樣本數(shù)量上捉襟見肘;另一方面,大鼠等模式動物的生理機制仍與人類存在較大差距,這就導(dǎo)致無論是對于人體的生理機制研究亦或是藥物轉(zhuǎn)化,大部分研究紛紛倒在了從模式動物走向臨床階段的彎道上。

“隨著干細(xì)胞技術(shù)的飛速發(fā)展,以此為基礎(chǔ)的器官芯片的制備也變得更加容易,且價格相對低廉”,Quris的首席執(zhí)行官兼聯(lián)合創(chuàng)始人Isaac Bentwich博士表示,為促進(jìn)該技術(shù)領(lǐng)域的轉(zhuǎn)化工作,Quris已與干細(xì)胞自動化領(lǐng)域的領(lǐng)導(dǎo)者——紐約干細(xì)胞基金會形成了獨家合作。

另一方面,將AI技術(shù)集成到器官芯片系統(tǒng)中將更有利于促進(jìn)藥物開發(fā),這一工作方向受到了包括Ingber在內(nèi)的研究人員的支持,但長期以來進(jìn)展十分緩慢?!皩⑾冗M(jìn)的計算技術(shù)應(yīng)用于多器官芯片,這是一件非常非常復(fù)雜的事情,”Ingber此前說到。

其中一個挑戰(zhàn)在于芯片本身的設(shè)計。為了將AI應(yīng)用于芯片數(shù)據(jù),Quris的科學(xué)家開發(fā)了更緊湊、更具成本效益的集成系統(tǒng),能夠在一次運行中完成數(shù)千次測試。

據(jù)Bentwich介紹,人工智能算法的好壞取決于輸入的信息,因此Quris開發(fā)的系統(tǒng)將需要大量高質(zhì)量數(shù)據(jù),以揭示不同藥物如何與芯片中的各種組織相互作用。

表面上看,該多器官芯片系統(tǒng)是將不同器官芯片按順序集成在另一個芯片上,但值得關(guān)注的是,Quris的芯片比現(xiàn)有尺寸小10到100倍,僅在一個芯片上就可以容納多達(dá)100名“患者”。在此之后,下一代納米傳感器則用于連續(xù)監(jiān)測每個微型器官對于藥物的反應(yīng)。

這種容納大規(guī)模組織細(xì)胞的芯片能夠生成足夠的數(shù)據(jù),從而訓(xùn)練人工智能算法并預(yù)測藥物的安全性。當(dāng)前,其AI技術(shù)平臺已有18項已獲授權(quán)和正在申請的專利。

“在參加比賽之前挑選獲勝的馬匹”

自多器官芯片技術(shù)問世之初,Bentwich便意識到了它的潛力:“它不僅僅是老鼠的替代品,它是一種(相對)便宜的方法。而且無需人類參與即可進(jìn)行有限的人體測試,也沒有老鼠導(dǎo)致的不確定性?!?/p>

可想而知,藥物開發(fā)的最大風(fēng)險即在于已經(jīng)獲得了一種新的治療方法,但最終卻不能安全地在人類身上發(fā)揮作用。巨大的早期研發(fā)投入使得大部分失敗藥物的沉沒成本都過于沉重。

“假設(shè)你是一家制藥公司,你是否想等到即將進(jìn)行臨床測試時,才能確定一種在紙上看起來不錯的分子是否真的有效?基因組學(xué)研究不會對老鼠實驗有所幫助,而多器官芯片卻可以讓你在參加比賽之前挑選獲勝的馬匹?!盉entwich對此談到。

目前,Quris正在利用新型的自動化、高通量系統(tǒng),在小型的患者芯片上測試已知的安全和不安全藥物,通過生成、分類測試數(shù)據(jù)并且重復(fù)訓(xùn)練,從而實現(xiàn)并更新能夠預(yù)測臨床安全性和有效性的機器學(xué)習(xí)算法。

去年10月,Quris順利籌集了900萬美元的種子輪融資,今年2月,該輪融資總額已增長至2800萬美元。憑借新的資金,該公司已經(jīng)開始測試前十萬個初始藥物來訓(xùn)練人工智能,并建立了首個針對脆性X綜合征的藥物管道。據(jù)悉,脆性X綜合征是最常見的自閉癥和智力障礙的遺傳原因,該公司表示其臨床試驗定于2022年進(jìn)行。

今年2月,Quris與生物科技巨頭德國默克公司簽署了一項協(xié)議,允許德國默克公司評估Quris的藥物安全預(yù)測平臺,將其與傳統(tǒng)的體外和體內(nèi)方法進(jìn)行比較。

“制藥行業(yè)正在實現(xiàn)藥物發(fā)現(xiàn)的現(xiàn)代化,人工智能的創(chuàng)新具有重大的前景,”Quris科學(xué)顧問委員會成員、Moderna的聯(lián)合創(chuàng)始人兼麻省理工學(xué)院教授Robert Langer博士指出?!半S著Quris擴大與制藥公司的合作,這有望帶來新的方法來尋找新的藥物,從而在未來幾年安全地滿足患者的需求?!?/p>

2020年,一項發(fā)表于The Journal of the American Medical Association的研究顯示,在2009年至2018年間將一個新藥推向市場的研發(fā)投資約為13億美元。而在Bentwich看來,任何一項失敗的藥物成本最終同樣將被推向消費者。一旦有成功藥品進(jìn)入市場,其高昂的價格中同時包括那些失敗品的研發(fā)費用。

而現(xiàn)在,有效提升制藥成功率將意味著制藥公司可以節(jié)省大量資金。盡管,這些“優(yōu)惠”是否會轉(zhuǎn)嫁給消費者尚不清楚,但降低開發(fā)成本可能會為罕見疾病的新療法和新抗生素打開大門。Bentwich表示,“大多數(shù)制藥公司會忽視這些領(lǐng)域,因為巨大的開發(fā)成本超過了它們有限的適銷性?!?/p>

截至目前,全球范圍內(nèi)的器官芯片產(chǎn)業(yè)化應(yīng)用還處于早期階段,現(xiàn)在采用的器官芯片復(fù)雜程度各異,仿真度仍有上升空間。相比之下,歐美器官芯片公司起步較早,轉(zhuǎn)化落地已初具規(guī)模,我國的器官芯片行業(yè)仍在初期。但總體而言,器官芯片技術(shù)尚未廣泛取代動物試驗。

例如,Ingber創(chuàng)立的生物技術(shù)公司Emulate, Inc.目前已向19家頂級制藥公司出售器官芯片。盡管在節(jié)約成本方面有巨大潛力,但顯而易見的是,讓制藥公司放棄已建立的藥物測試流程并探索新的方法,這一進(jìn)程不會迅速實現(xiàn)。

正如羅氏制藥相關(guān)負(fù)責(zé)人所說:“盡管已有十多年的歷史,但這仍然是一項新技術(shù)。我們還需要學(xué)習(xí)?!?不過,隨著直接比較動物和器官芯片測試的數(shù)據(jù)增多,制藥企業(yè)從模式動物走向芯片的過渡已經(jīng)逐漸開始。

此外,Ingber也坦誠表示,對于部分研究問題,當(dāng)前的動物試驗可能仍然是最佳選擇?!袄缥覀兇竽X中的信號通路,對于當(dāng)前的‘Patient-on-a-Chip’技術(shù)來說過于復(fù)雜。隨著芯片系統(tǒng)的技術(shù)進(jìn)展,這種情況將可能發(fā)生變化?!?/p>

審核編輯:彭靜
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原文標(biāo)題:人工智能+多器官芯片系統(tǒng),用于藥物高通量篩選和低成本開發(fā)

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